Spółka wykazała nadwyżkę podatku VAT naliczonego nad należnym w wysokości 230 tys. zł i wniosła o jej zwrot. Organ podatkowy wszczął czynności sprawdzające, po czym oddał przedsiębiorcy tylko większą część jego kwoty, wstrzymując resztę. Rozpoznający skargę spółki Wojewódzki Sąd Administracyjny w Bydgoszczy pytał organ, czym różni się sytuacja w zakresie tej pozostałej kwoty, bo przecież podatnik przeszedł weryfikację pozytywnie, skoro fiskus zwrócił mu zdecydowaną większość wnioskowanego zwrotu VAT.
Organ podatkowy uznał, że firma brała udział w karuzeli VAT i zakwestionował wiele działań przedsiębiorcy. Pośród zarzutów mających uzasadnić odmowę prawa do odliczenia VAT znalazł się również taki, że nie dochował on należytej staranności przy przeprowadzaniu transakcji, bo nie poddał swojego dostawcy weryfikacji, uznając go za wiarygodnego na podstawie wieloletniej współpracy. Jak podsumował to Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu: „Stwierdzenie takie jest oczywiście sprzeczne z logiką, doświadczeniem życiowym i realiami funkcjonowania obrotu gospodarczego” (wyrok z 17 marca 2020 r., sygn. akt I SA/Wr 768/19).
W świetle art. 86 ust. 10 ustawy o VAT, prawo do odliczenia podatku naliczonego z otrzymanej faktury powstaje zasadniczo w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych towarów i usług powstał obowiązek podatkowy (z reguły: dzień wykonania usługi lub dokonania dostawy). Przy czym, jak wynika z art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy o VAT, uprawnienie to nie zaistnieje wcześniej niż, gdy podatnik otrzymał fakturę.
Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Rada Unii Europejskiej wydała decyzję wykonawczą, która przedłuża do końca 2022 r. m.in. ograniczenie do wysokości 50% prawa do odliczania VAT od zakupu, nabycia wewnątrzwspólnotowego, przywozu, wynajmu lub leasingu niektórych silnikowych pojazdów drogowych oraz wydatków z nimi związanych, jeśli takie pojazdy nie są używane wyłącznie do celów działalności gospodarczej.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej uznał, że art. 90 dyrektywy 2006/112 w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej należy interpretować w ten sposób, że stoi on na przeszkodzie przepisom krajowym, które przewidują, iż podatnik nie może dokonać omawianej korekty, jeżeli dłużnik nie jest już podatnikiem VAT. TSUE podkreślił, że skoro dłużnik utracił status podatnika VAT, to tym bardziej przemawia to za możliwością dokonania korekty.
Fundowanie owoców pracownikom nie jest niezbędne do prowadzenia biznesu, zatem nie można odliczyć VAT od tego wydatku. Tak orzekł 17 lipca 2019 r. WSA w Łodzi. Fiskus więc wygrał, choć w sprawie podatku dochodowego twierdzi coś odwrotnego: że wydatki na zakup artykułów spożywczych mogą w dalszej perspektywie przyczyniać się do poprawy atmosfery wśród pracowników, do zwiększania ich motywacji i w konsekwencji do wzrostu wydajności, a zatem mogą przełożyć się na uzyskiwane przez spółkę przychody. Te same wydatki dla celów VAT służą natomiast – zdaniem fiskusa – celom osobistym podwładnych, a nie prowadzonemu biznesowi.