W wyroku z dnia 5 marca 2014 r. (sygn. akt II FSK 481/12) Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że przepis art. 12 ust. 1 pkt 7 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, odsyłając do odpowiedniego stosowania art. 14 ust. 1-3 ww. ustawy, upoważnia organy podatkowe do weryfikacji wartości udziałów/akcji, określonej w umowie lub w statucie spółki, w sytuacji, gdy wartość nominalna obejmowanych udziałów, tj. wartość przedmiotu aportu określona w „cenie” jego zbycia, w sposób znaczny odbiega od wartości rynkowej przedmiotu wkładu i jednocześnie nie znajduje to uzasadnionych przyczyn w rozumieniu art. 14 ust. 1 ww. ustawy.
Przy umorzeniu lub zbyciu udziałów objętych na skutek wniesienia aportu, kosztem właściciela takich udziałów jest - co do zasady - ich wartość nominalna. Zasada ta nie dotyczy przypadków, w których aport ten miał formę, neutralnej podatkowo, transakcji wymiany udziałów. W takiej sytuacji, koszty właściciela umarzanych lub zbywanych udziałów są równe rzeczywistym kosztom historycznym, jakie poniósł na ich nabycie (a ściślej rzecz biorąc: na nabycie udziałów, jakie w ramach transakcji wymiany, były wnoszone drogą aportu).
Pracownicy i byli pracownicy przedsiębiorstw sektora energetycznego, którzy w ramach prywatyzacji otrzymali nieodpłatnie akcje pracownicze, a następnie skorzystali z przepisów o konsolidacji takich przedsiębiorstw i dokonali zamiany swoich akcji na akcje spółek konsolidujących (łączących) uważają, że należy się im zwrot nadpłaconego podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC).Pracownicy i byli pracownicy przedsiębiorstw sektora energetycznego, którzy w ramach prywatyzacji otrzymali nieodpłatnie akcje pracownicze, a następnie skorzystali z przepisów o konsolidacji takich przedsiębiorstw i dokonali zamiany swoich akcji na akcje spółek konsolidujących (łączących) uważają, że należy się im zwrot nadpłaconego podatku od czynności cywilnoprawnych (PCC).