Spółka ma obowiązek przechowywać księgi i dokumenty podatkowe za lata podatkowe, w których wykazała stratę, do czasu przedawnienia zobowiązania podatkowego, tj. przez okres 5 lat, licząc od końca tego roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku za rok, w którym po raz ostatni została odliczona strata. Do tego czasu zobowiązana jest do przechowywania ksiąg podatkowych i dokumentów za lata, w których odliczana strata wystąpiła, jak również za lata, za które stratę odliczała.
Sądy mają nowy kłopot: co jest kosztem przy sprzedaży akcji lub udziałów, gdy po drodze był jeszcze aport i przekształcenie spółki. Co wyrok, to inny wniosek. Gdyby chodziło o zwykły zakup, a następnie sprzedaż akcji lub udziałów, nie byłoby problemu z ustaleniem kosztów. Ale podatnicy chcą po drodze wnosić je do innej spółki, potem tę przekształcać i dopiero na końcu decydować się na sprzedaż (bądź przymusowe umorzenie). Takie transakcje wymykają się spod regulacji o PIT i CIT – ustawodawca ich po prostu nie przewidział.
Z informacji, jakie napływają do Biura Rzecznika Praw Obywatelskich wynika, że organy podatkowe prezentują niekorzystne dla podatników stanowisko dotyczące skutków podatkowych finansowania przez pracodawcę kosztów noclegu tzw. pracownika mobilnego, związanego z wyjazdem służbowym, nie będącym podróżą służbową. W indywidualnych interpretacjach prawa podatkowego Minister Finansów uznaje, że wartość świadczenia (noclegu) poniesionego w związku z wykonaniem zleconych przez pracodawcę obowiązków służbowych wynikających z umowy o pracę stanowić będzie przychód ze stosunku pracy.