Przedsiębiorcy zobowiązani są do wystawiania faktur w dwóch egzemplarzach, z czego jeden otrzymuje nabywca towaru lub usługi, natomiast drugi zachowuje w swojej dokumentacji sprzedawca. Obowiązujące obecnie przepisy nie wskazują, że faktury należy oznaczać jako “oryginał” i “kopia”. Zdarza się jednak, że sprzedawcy nadal stosują opis oryginał/kopia. Czy jest zatem możliwe odliczenie VAT z faktury, która ma oznaczenie „kopia”?
Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 29 stycznia 2016 r., (sygn. akt II FSK 3178/13) rozstrzygnął kwestię tego, jak należy interpretować termin ,,wartość zadłużenia”, o którym mowa w art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (przepisy dot. tzw. cienkiej kapitalizacji). W orzecznictwie sporne jest, czy przez to określenie rozumieć trzeba jedynie wartość pożyczek czy też wszystkich zobowiązań wobec podmiotu powiązanego.
W przypadku, gdy nabywca otrzyma fakturę zawierającą błędy w elementach nazwy sprzedawcy lub nabywcy albo oznaczenia towaru lub usługi, może je skorygować notą korygującą. Należy jednak podkreślić, że wystawienie noty korygującej nie może prowadzić do zmiany podmiotu umowy sprzedaży. W przypadku, gdy błędne są wszystkie dane nabywcy wskazane na fakturze, nie jest dopuszczalne jej korygowanie w drodze noty korygującej. Jedynym sposobem naprawienia tego typu błędu jest wystawienie faktury korygującej przez sprzedawcę.
Dokonanie czynności objętej zakresem opodatkowania VAT powoduje konieczność wystawienia faktury. W przypadku natomiast otrzymania zaliczki na poczet wykonania takiej czynności, podatnik jest zobowiązany wystawić fakturą zaliczkową, dokumentującą otrzymaną od kupującego wpłatę. Dodatkowo, gdy została wystawiona więcej niż jedna faktura zaliczkowa dokumentująca otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery poprzednich faktur.
Naczelny Sąd Administracyjny kontynuuje linię orzeczniczą, zgodnie z którą premie i nagrody wypłacane pracownikom z dochodów spółki po jej opodatkowaniu, stanowią koszt uzyskania przychodu. W uchwale 7 sędziów z 1 lutego 2016 roku powtórzył korzystną dla przedsiębiorców interpretację przepisów wedle której są to wydatki odliczane od przychodów, a więc zmniejszające dochód przed opodatkowaniem. W tej samej uchwale NSA zaznaczył też, że nie są kosztem uzyskania przychodów składki na ubezpieczenie społeczne oraz na Fundusz Pracy i na inne fundusze celowe utworzone na podstawie odrębnych ustaw - od nagród i premii, wypłacanych w gotówce lub w papierach wartościowych z dochodu po opodatkowaniu podatkiem dochodowym.