Podatnik, który otrzyma wynik kontroli celno-skarbowej, tylko raz będzie mógł skorygować złożoną deklarację podatkową. Jeśli później uzna, że dokonane przez niego rozliczenia wbrew opinii kontrolujących były jednak prawidłowe, to ponowna deklaracja, w zakresie, jakim cofa ustalenia kontroli, będzie już bezskuteczna.
Resort finansów informuje, że kwoty wstrzymanych, czyli objętych weryfikacją zwrotów VAT, idą w setki milionów złotych. Przedsiębiorcy, objęci procedurą weryfikacji zasadności zwrotu nadwyżki VAT, narażeni są na długie lata oczekiwania oraz związane z tym ryzyko utraty płynności finansowej. Spory w tym zakresie niejednokrotnie kończą się przed sądami administracyjnymi.
Zbyt długi okres przedawnienia, bezzasadna podwyżka opłat za wydanie interpretacji, niejasne zasady współpracy z fiskusem – to tylko niektóre uwagi ministerstw, instytucji publicznych i organizacji. Krajowa Rada Doradców Podatkowych uznała wręcz, że projekt nowej ordynacji podatkowej, mimo właściwych założeń, „nie odpowiada aktualnym wyzwaniom i problemom związanym ze stosowaniem obecnych przepisów”.
W dniu 18 czerwca 2018 r. Naczelny Sąd Administracyjny wydał uchwałę w zakresie obowiązków informacyjnych, jakie muszą zostać spełnione, aby Organ podatkowy skutecznie zawiesił bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Niestety po raz kolejny NSA orzekł profiskalnie. Oznacza to, że warunki formalne jakie musi spełnić organ podatkowy, by doprowadzić do zawieszenia biegu terminu przedawnienia, są zredukowane do minimum.