Relatywnie krótka praktyka stosowania JPK zdążyła wzbudzić szereg wątpliwości, które spędzają sen z powiek podatnikom. Narzędzie mające w założeniu usprawnić i przyśpieszyć pracę organów podatkowych, a co się z tym wiąże ułatwić życie kontrolowanym, zdaje się być wysoko problematyczne. Pomimo bowiem odpowiedzi, które zostały zamieszczone na stronie resortu finansów, wciąż pozostają pewne niedopowiedzenia, wskazując na niekompletność regulacji w tym względzie (brak dalekowzroczności ustawodawcy).
Od rozliczenia za styczeń 2017 r. podatnicy VAT czynni, którzy prowadzą ewidencje VAT w formie elektronicznej, będą mieli obowiązek ich przesyłania w formacie JPK_VAT (art. 82 § 1b Ordynacji podatkowej). Obowiązek ten będzie dotyczył podatników, którzy posiadają status małego lub średniego przedsiębiorcy. Dotyczy to również podatników, którzy nie są przedsiębiorcami, np. JST. Status ten ustalamy na podstawie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Tajemnicę zawodową najczęściej definiuje się jako obowiązek nieujawniania informacji pozyskanych w związku z wykonywanym zawodem zaufania publicznego. Do zawodów tych należą przede wszystkim lekarze, pielęgniarki, adwokaci, radcowie prawni, czy doradcy podatkowi. Przedstawiciele tych zawodów zobowiązani są do zachowania w tajemnicy informacji poufnych pod sankcją odpowiedzialności dyscyplinarnej, cywilnej, a nawet karnej.
Centralny Rejestr Faktur będzie narzędziem do kontroli przedsiębiorców, ich działalności gospodarczej oraz zawieranych transakcji z dokładnością do każdej otrzymanej czy wystawionej faktury. Rejestr ma być bazą faktur, a zatem przedsiębiorcy będą mieli kolejny obowiązek wobec fiskusa, czyli obowiązek przesyłania każdej faktury, w czasie rzeczywistym, do centralnej bazy administracji rządowej.
Utworzenie Krajowej Administracji Skarbowej, czyli połączenie służby celnej, administracji podatkowej i kontroli skarbowej, planowane na 1 stycznia 2017 r., to nie reforma służb podległych Ministerstwu Finansów, co najwyżej modernizacja, która sankcjonuje prawnie dotychczasowy stopień upolitycznienia organów skarbowych - oceniono w raporcie Centrum Analiz i Studiów Podatkowych SGH.
Jak podają media cytując urzędników resortu finansów, pod koniec sierpnia 2016 r. wpłynęło ponad 6 tys. elektronicznych informacji na temat ewidencji prowadzonej dla potrzeb VAT. Wszystkie podmioty sektora publicznego oraz szkoły wyższe i jednostki badawcze, które, zgodnie z interpretacją tegoż resortu, też są jakoby dużymi podatnikami (choć są na ten temat inne poglądy prawne), zwolniono z tego obowiązku, bo nie były w stanie mu podołać: nie miały pieniędzy aby dać zarobić firmom informatycznym. Ponoć jest ich około 3 tysięcy, czyli jedna trzecia ogółu. Nikt nie może zrozumieć panującego tu bałaganu, który przy pomocy wątpliwych poglądów narzuca podatnikom obowiązki, a potem z nich zwalnia.
Od 1 lipca 2016 r. obowiązek przekazywania dokumentów w formacie JPK, zarówno w przypadku kontroli, jak i w zakresie ewidencji VAT, dotyczy dużych firm. Mikro, mali i średni przedsiębiorcy, w rozumieniu ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, w okresie od dnia 1 lipca 2016 r. do dnia 30 czerwca 2018 r. dane w formacie JPK przy kontroli będą przekazywać fakultatywnie, a od lipca 2018 r. - obowiązkowo.Od 1 stycznia 2017 r. dane z ewidencji VAT w strukturze JPK przesyłać muszą i mali i średni przedsiębiorcy. Mikroprzedsiębiorcy objęci zostaną tym obowiązkiem od początku 2018 roku.
Wiemy, że pierwszy termin przekazania ministrowi finansów elektronicznej informacji zawierającej ewidencję prowadzoną na podstawie art. 109 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług, skończył się totalnym blamażem resortu, który w ostatniej chwili musiał faktycznie zwolnić z tego obowiązku cały sektor publiczny. Pozostali „duzi” podatnicy, którzy są objęci tym obowiązkiem, albo nie podołali temu zadaniu, albo wykonali je wadliwie. Część podatników składa „czynny żal” z tego tytułu zastanawiając się tylko, komu ma go złożyć: naczelnikowi urzędu skarbowego czy ministrowi finansów. Dlaczego tak się dzieje?
