Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
Od 1 lipca 2018 r. wszyscy podatnicy, którzy prowadzą księgi podatkowe i wytwarzają dowody księgowe w formie elektronicznej, przekazują struktury JPK na żądanie organów podatkowych. JPK na żądanie obejmuje 6 struktur: księgi rachunkowe – JPK_KR, wyciąg bankowy – JPK_WB, magazyn – JPK_MAG, faktury VAT – JPK_FA, podatkowa księga przychodów i rozchodów – JPK_PKPIR, ewidencja przychodów – JPK_EWP. Ministerstwo Finansów udzieliło wyjaśnień odnośnie struktury magazynowej JPK_MAG.
Począwszy od stycznia 2018 roku, wszyscy przedsiębiorcy muszą już co miesiąc składać plik JPK VAT. Z kolei od lipca urzędy skarbowe mogą żądać plików JPK, które nie dotyczą VAT, ale zawierają np. dane o fakturach (JPK FA), księgach podatkowych (JPK KR/PKPiR), wyciągach bankowych (JPK WB) czy stanach magazynowych (JPK MAG). Wciąż jednak pojawiają się pytania, co zrobić w sytuacji, w której firma prowadzi dokumentację w formie papierowej. Czy wtedy przedsiębiorca również zobligowany jest do przygotowania plików JPK?
Naczelny Sąd Administracyjny twierdzi konsekwentnie, że dla ustalenia, czy skutek decyzji w postaci określenia zobowiązania podatkowego nastąpił przed upływem terminu przedawnienia, istotna jest data doręczenia decyzji, a nie jej wydania. Niestety, organom podatkowym nadal zdarza się wydawać decyzje określające zobowiązanie podatkowe mimo upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.