18 stycznia 2017 r. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał wyrok, w którym orzekł, że kwoty, jakie otrzymują artyści i wydawcy z tytułu opłat reprograficznych, nie podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT. Zdaniem Janiny Fornalik, partnera w firmie doradczej MDDP skutki tego wyroku mogą być skomplikowane. Niektórzy podatnicy będą mogli odzyskać VAT, ale niektórzy będą musieli zwrócić wcześniej odliczony VAT.
Relatywnie krótka praktyka stosowania JPK zdążyła wzbudzić szereg wątpliwości, które spędzają sen z powiek podatnikom. Narzędzie mające w założeniu usprawnić i przyśpieszyć pracę organów podatkowych, a co się z tym wiąże ułatwić życie kontrolowanym, zdaje się być wysoko problematyczne. Pomimo bowiem odpowiedzi, które zostały zamieszczone na stronie resortu finansów, wciąż pozostają pewne niedopowiedzenia, wskazując na niekompletność regulacji w tym względzie (brak dalekowzroczności ustawodawcy).
Od rozliczenia za styczeń 2017 r. podatnicy VAT czynni, którzy prowadzą ewidencje VAT w formie elektronicznej, będą mieli obowiązek ich przesyłania w formacie JPK_VAT (art. 82 § 1b Ordynacji podatkowej). Obowiązek ten będzie dotyczył podatników, którzy posiadają status małego lub średniego przedsiębiorcy. Dotyczy to również podatników, którzy nie są przedsiębiorcami, np. JST. Status ten ustalamy na podstawie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Podatnik VAT, który prowadzi działalność mieszaną inaczej odlicza VAT z faktur dokumentujących jego zakupy, w sytuacji gdy tego, co kupuje, używa zarówno do czynności opodatkowanych, jak i do zwolnionych. Dotyczy to przykładowo faktur za internet, czy usługi księgowe.
Jak podają media cytując urzędników resortu finansów, pod koniec sierpnia 2016 r. wpłynęło ponad 6 tys. elektronicznych informacji na temat ewidencji prowadzonej dla potrzeb VAT. Wszystkie podmioty sektora publicznego oraz szkoły wyższe i jednostki badawcze, które, zgodnie z interpretacją tegoż resortu, też są jakoby dużymi podatnikami (choć są na ten temat inne poglądy prawne), zwolniono z tego obowiązku, bo nie były w stanie mu podołać: nie miały pieniędzy aby dać zarobić firmom informatycznym. Ponoć jest ich około 3 tysięcy, czyli jedna trzecia ogółu. Nikt nie może zrozumieć panującego tu bałaganu, który przy pomocy wątpliwych poglądów narzuca podatnikom obowiązki, a potem z nich zwalnia.
Oddział spółki z siedzibą w innym państwie członkowskim UE, który został za-rejestrowany w danym państwie członkowskim na potrzeby zapłaty podatku VAT i dokonuje głównie wewnętrznych transakcji (niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT) na rzecz tej spółki, a także sporadycznie czynności opodatkowanych w państwie członkowskim jego rejestracji, ma prawo do odliczenia podatku naliczonego w tym ostatnim państwie, nałożonego na towary i usługi wykorzystywane na potrzeby opodatkowanych czynności wspomnianej spółki dokonywanych w innym państwie członkowskim, w którym spółka ta ma swoją siedzibę.