W zależności od tego, co podatnik zrobi z zyskiem, okres przedawnienia zobowiązań podatkowych skróci się lub przeciwnie ‒ wydłuży. Co więcej, może ono nawet nigdy nie nastąpić. Taki może być skutek nowych przepisów o tzw. estońskim CIT, czyli ryczałcie od dochodów spółek kapitałowych. Projekt zakłada bowiem nie tylko nowe zasady rozliczania się z fiskusem przez firmy o przychodzie nieprzekraczającym 50 mln zł, lecz także specyficzną zasadę przedawniania zobowiązań podatkowych.
W ostatnim czasie zapadły ważne rozstrzygnięcia Naczelnego Sądu Administracyjnego oraz Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Łodzi, które mogą istotnie wspomóc argumentację przedstawianą przez podatników w sporze z organami podatkowymi. NSA krytycznie ocenił praktykę urzędników skarbowych polegającą na wszczynaniu postępowań karnych skarbowych jedynie w celu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Z kolei WSA w Łodzi wskazał, że rozstrzygnięcia organów fiskalnych, np. w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu VAT, muszą być należycie uzasadnione i mieć oparcie w realiach sprawy, a swoboda decyzji fiskusa ma swoje granice.
W opinii Rzecznika Praw Obywatelskich przepisy, które służą do wszczynania postępowań karnoskarbowych w celu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego są niezgodne z Konstytucją. RPO przyłączył się do kolejnej skargi konstytucyjnej obywatela dotkniętego tymi przepisami Ordynacji podatkowej. Jeszcze w 2014 r. Rzecznik zaskarżył je do Trybunału Konstytucyjnego, wnosząc o stwierdzenie ich niekonstytucyjności, bp przepisy te powodują niepewność obywateli, którzy nie wiedzą, czy ich zobowiązania podatkowe wygasły.
Zobowiązania podatkowe, w tym również w zakresie VAT, przedawniają się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Jednak specyfika podatku VAT powoduje problemy z ustaleniem terminu przedawnienia, szczególnie gdy rozliczenie kończyło się kwotą zwrotu lub nadwyżką do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, gdyż one też ulegają przedawnieniu. Ponadto nie można automatycznie przyjmować zawsze 5-letniego terminu, gdyż w praktyce ze względu na zawieszenie lub przerwanie często ulega on znacznemu wydłużeniu. Przedawnienie rozliczenia powoduje, że podatnik nie musi przechowywać już dokumentacji za ten okres, a organ nie może żądać zapłaty podatku i dokonywać kontroli rozliczenia. Podatnik nie może natomiast skorygować przedawnionego rozliczenia, wystąpić o zwrot czy nadpłatę za ten okres. Warto zatem wiedzieć, jak ustalać termin przedawnienia w VAT.
Nie należy wszczynać egzekucji, kontroli podatkowej, czynności sprawdzających i wszelkich innych procedur, jeżeli podatnik wnioskuje o odroczenie lub rozłożenie na raty zapłaty daniny – zaleciło urzędom skarbowym Ministerstwo Finansów. Z wytycznych wynika też, że nadpłaty mają być zwracane nawet tym, którzy zalegają wobec fiskusa z innego tytułu. „Innymi słowy zwroty podatków i nadpłat podatków powstałe przed dniem powstania zaległości podatkowej nie będą zaliczane na poczet odroczonych lub rozłożonych na raty zaległości podatkowych, tylko zwracane bezpośrednio” – czytamy w zaleceniach. W pierwszej kolejności urzędy skarbowe mają odraczać terminy zapłaty podatków lub rozkładać je na raty. Przy umorzeniu „zaleca się pogłębioną analizę zasad pomocy publicznej”.
Zdaniem Rzecznika Praw Obywatelskich zasada demokratycznego państwa prawnego (określona w art. 2 Konstytucji RP) wymaga, aby zawieszenie biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego miało swoje uzasadnienie w stanie faktycznym. Chodzi o to, aby odmiennie traktować podatników, którzy nie popełnili czynu zabronionego oraz tych, którzy takiego czynu się dopuścili. Niezgodne z Konstytucją (wg opinii RPO) są przepisy Ordynacji podatkowej, służące do wszczynania postępowań karnoskarbowych w celu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Taki jest wniosek Rzecznika do Trybunału Konstytucyjnego w sprawie skargi konstytucyjnej obywatela dotkniętego tymi przepisami. Już w 2014 r. RPO zaskarżył te przepisy do TK, wnosząc o stwierdzenie ich niekonstytucyjności - dotąd TK nie wydał orzeczenia w tej sprawie. RPO uważa, że przepisy te skutkują niepewnością obywateli, którzy nie wiedzą, czy ich zobowiązania podatkowe wygasły.
Rok 2019 był kolejnym, w którym Krajowa Administracja Skarbowa rzadziej kontrolowała podatników. Liczba kontroli celno-skarbowych spadła o 14,5%, a kontroli podatkowych o 11,6% w porównaniu do 2018 roku. Typowanie do kontroli opiera się na analizie ryzyka, do której wykorzystywane są zaawansowane narzędzia analityczne (BIG DATA). Kontrole podatkowe często zastępowane są czynnościami sprawdzającymi.
