Pracownicy otrzymują od swoich pracodawców różnego rodzaju świadczenia. Na sposób rozliczenia VAT z tego tytułu wpływa m.in. to, czy obowiązek spełnienia danego świadczenia wynika z odrębnych przepisów (głównie prawa pracy), czy też jest to świadczenie wynikające z dobrej woli pracodawcy. Nie bez znaczenia, dla właściwego rozliczenia podatku od świadczeń dokonanych na rzecz pracowników, jest również źródło finansowania wydatków. Mimo że przepisy w tym zakresie od dawna nie uległy zmianie, organy podatkowe często zmieniają swoje stanowiska na temat rozliczenia tych świadczeń.
18 stycznia 2017 r. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał wyrok, w którym orzekł, że kwoty, jakie otrzymują artyści i wydawcy z tytułu opłat reprograficznych, nie podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT. Zdaniem Janiny Fornalik, partnera w firmie doradczej MDDP skutki tego wyroku mogą być skomplikowane. Niektórzy podatnicy będą mogli odzyskać VAT, ale niektórzy będą musieli zwrócić wcześniej odliczony VAT.
Podatnik VAT, który prowadzi działalność mieszaną inaczej odlicza VAT z faktur dokumentujących jego zakupy, w sytuacji gdy tego, co kupuje, używa zarówno do czynności opodatkowanych, jak i do zwolnionych. Dotyczy to przykładowo faktur za internet, czy usługi księgowe.
Zarejestrowanie samochodu wydaje się sprawą banalną. Jest jednak zajęciem czasochłonnym. Postępowanie przy rejestracji zależy od tego, czy dotyczy ona pojazdu nowego, czy starego, kupionego w kraju, czy za granicą (do tego w Unii lub poza nią). Dodatkowe wymagania stawiane są właścicielom samochodów zabytkowych i tzw. samoróbek (SAM). Najprościej zarejestrować nowe auto kupione w kraju. Sama procedura w urzędzie może się zamknąć w pół godziny ale w kolejce do okienka postoimy znacznie dłużej. A jeśli zapomnimy choć jednego dokumentu, trzeba będzie odstać swoje od początku.
Oddział spółki z siedzibą w innym państwie członkowskim UE, który został za-rejestrowany w danym państwie członkowskim na potrzeby zapłaty podatku VAT i dokonuje głównie wewnętrznych transakcji (niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT) na rzecz tej spółki, a także sporadycznie czynności opodatkowanych w państwie członkowskim jego rejestracji, ma prawo do odliczenia podatku naliczonego w tym ostatnim państwie, nałożonego na towary i usługi wykorzystywane na potrzeby opodatkowanych czynności wspomnianej spółki dokonywanych w innym państwie członkowskim, w którym spółka ta ma swoją siedzibę.