Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Zgodnie z przepisami pisma w sprawie podatkowej doręcza się stronie postępowania, a jeśli został ustanowiony pełnomocnik, to temu pełnomocnikowi. Jeżeli więc podatnik ustanowi w swej sprawie pełnomocnika, to o wszystkich pismach i czynnościach organu dowie się on od swojego pełnomocnika, bowiem w takiej sytuacji organ podatkowy nie doręcza już pism jemu, ale pełnomocnikowi.
Przepisy unijne nie stoją na przeszkodzie, w kontekście zasady skuteczności ścigania w sprawach przestępstw z dziedziny podatku VAT, stosowaniu przez sąd krajowy przepisu krajowego stanowiącego, że należy odrzucić w postępowaniu podatkowym dowody, takie jak nagrania z podsłuchów telefonicznych, wymagające uprzedniej zgody sądu - tak orzekł Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
W projekcie nowej Ordynacji podatkowej, która ma wejść w życie w 2020 r., zaprezentowano sporo zmian dotyczących procedury podatkowej. Wiele propozycji, zdaniem przedsiębiorców z BCC, można ocenić pozytywnie i powinny przyczynić się do szybszego załatwiania spraw w postępowaniach podatkowych i uprościć niektóre niejasne kwestie. Wprowadzono jednak również nowe instytucje, które mogą rodzić wątpliwości i okazać się nieskutecznym rozwiązaniem.
Wielka reforma administracji skarbowej już wkrótce stanie się faktem, z dniem 1 marca 2017 r. zacznie bowiem funkcjonować Krajowa Administracja Skarbowa. Struktura organów podatkowych ulegnie całkowitej zmianie, przez co zapewniony ma zostać skuteczniejszy pobór danin oraz mają powstać nowe, skuteczniejsze narzędzia do walki z nieuczciwymi podatnikami. Zasadnicza część zmian dotyczy więc reformy struktury administracji i dotychczasowych narzędzi, niemniej – jak podkreśla Marcin Książek z Grant Thornton – również podatnicy muszą być świadomi, że część zmian dotknie również ich samych.
Co do zasady koszty postępowania przed organami podatkowymi ponosi Skarb Państwa, województwo, powiat lub gmina. Jest to norma ogólna, wywodząca się z dyspozycji art. 264 Ordynacji podatkowej, niedotycząca wszystkich, możliwych wydatków. Koszty, w większości nie są też zwracane z urzędu, ale na wniosek uczestnika postępowania.