Przedsiębiorcy, którzy rozliczają się z kontrahentami w formie gotówkowej muszą wiedzieć, że od 1 stycznia 2017 roku limit transakcji, które można przeprowadzać bez korzystania z rachunku płatniczego (np. rachunku bankowego), zostanie zmniejszony z obecnych 15 tys. euro do 15 tys. złotych. Przekroczenie tego limitu skutkuje brakiem możliwości zaliczenia takiego "gotówkowego" wydatku do kosztów uzyskania przychodów. Natomiast nadal będzie możliwe regulowanie zobowiązań, także w kwocie przekraczającej 15 tys. zł w drodze kompensaty, nettingu lub stosowanie transakcji barterowych, albo innych niż płatność form regulowania zobowiązania, bez sankcji w postaci braku możliwości zaliczenia takich wydatków do kosztów uzyskania przychodu.
Niektóre z zawodów, m. in.: aplikacje prawnicze, wymagają uzyskania odpowiednich uprawnień. Zdobycie ich wiąże się najczęściej z poniesieniem określonych wydatków takich jak: opłata za egzamin konkursowy, za kolejne lata aplikacji, opłata za przystąpienie do egzaminu końcowego itp. Pomimo że wydatki te są niezbędne i nieuniknione, aby w przyszłości prowadzić tego typu działalność gospodarczą, NSA od jakiegoś czasu nie pozwala zaliczać ich do kosztów uzyskania przychodów.
Przedsiębiorcy często rejestrują swoje działalności gospodarcze w swoim mieszkaniu lub domu, gdzie zamieszkują i prowadzą swoje gospodarstwa domowe. Jeśli w swoim miejscu zamieszkania prowadzi się działalność firmy tzn. pracuje i przyjmuje klientów, to w związku z tym przysługuje prawo do przeznaczenia części lokalu na siedzibę firmy. Jest wtedy możliwość zaliczenia do kosztów podatkowych firmy odpowiednio wyliczonej części wydatków ponoszonych na lokal tj. czynsz, kredyt, media, wyposażenie czy remont.
Koszty organizacji spotkania świątecznego o charakterze motywacyjnym i integracyjnym dla pracowników podatnika, będą mogły być uznane za koszty podatkowe, gdyż mają związek z osiąganiem przychodów przez pracodawcę oraz zabezpieczeniem ich źródeł. Zaliczenie do kosztów podatkowych przedmiotowych wydatków powinno być poparte stosowną dokumentacją świadczącą o dominującym integracyjnym oraz motywacyjnym aspekcie spotkania. Konieczne jest dysponowanie nie tylko fakturami potwierdzającymi zakup towarów i usług, ale również dokumentami określającymi przebieg spotkania, np. program lub agendę, który wskazywałby na jego cel i charakter.
Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Organy podatkowe zwykle uznawały, że osoba prowadząca działalność gospodarczą nie może odliczyć wydatków na dokształcanie się, w tym studia, jeśli zostały one rozpoczęta przed uruchomieniem firmy. Jeśli jednak nauka odbywała się już w trakcie prowadzenia działalności, wówczas zazwyczaj fiskus wyrażał zgodę na wpisanie czesnego w koszty. Pod warunkiem jednak, że można było wykazać związek między kierunkiem nauki a przychodami – również przyszłymi - firmy. Innymi słowy, przedsiębiorca studiujący filozofię raczej nie miał szans na wpisanie czesnego do kosztów firmy.