Odliczanie VAT powinno następować według tzw. proporcji sprzedaży. W trakcie roku podatkowego podatnik stosuje proporcję wstępną, wynikającą z poprzedniego roku. Po zakończeniu roku dokonuje się korekty według faktycznej proporcji sprzedaży z danego roku. W przypadku, gdy proporcja przekroczy 98% oraz kwota podatku naliczonego niepodlegająca odliczeniu, wynikająca z zastosowania tej proporcji, w skali roku, jest mniejsza niż 500 zł - podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 100%.
W przypadku gdy nabywcą usług budowlanych lub budowlano-montażowych jest podmiot niebędący podatnikiem VAT (konsument), obowiązek podatkowy z tytułu świadczenia tych usług powstanie z chwilą wykonania usługi. Jeżeli natomiast nabywcą tych usług jest podatnik VAT, obowiązek podatkowy powstanie z chwilą wystawienia faktury z tytułu świadczenia usług - w takim przypadku fakturę wystawia się nie później niż 30. dnia od dnia wykonania usługi, lecz nie wcześniej niż 30. dnia przed tym dniem; dla usług o charakterze ciągłym faktura może być wystawiona wcześniej niż 30. dnia od dnia wykonania usługi, jeżeli zawiera informację, jakiego okresu rozliczeniowego dotyczy.
Dokonanie czynności objętej zakresem opodatkowania VAT powoduje konieczność wystawienia faktury. W przypadku natomiast otrzymania zaliczki na poczet wykonania takiej czynności, podatnik jest zobowiązany wystawić fakturą zaliczkową, dokumentującą otrzymaną od kupującego wpłatę. Dodatkowo, gdy została wystawiona więcej niż jedna faktura zaliczkowa dokumentująca otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery poprzednich faktur.
Dochowanie „należytej staranności” jako warunku odliczenia podatku naliczonego VAT jest ostatnio szczególnie popularnym zagadaniem, a to wobec ogromnej ilości postępowań kontrolnych i podatkowych w sprawie oszustw w tym podatku w związku z mechanizmem tzw. „karuzeli podatkowej”. Mechanizm ten polega na „wkręcaniu” uczciwych podatników przez oszustów do łańcucha transakcji obrotu zazwyczaj tym samym towarem. Towar w tych transakcjach zazwyczaj rzeczywiście występuje, tyle że na niektórych etapach obrotu (zarówno przed tym, na którym występuje wkręcany, jak i po). Niekiedy dochodzi do tego jeszcze dostawa wewnątrzwspólnotowa (WDT), której dokonuje uczciwy podatnik, a nabywca z innego kraju UE zazwyczaj jej zaprzecza lub znika.
Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
Zdaniem profesora Witolda Modzelewskiego to konieczne, bo zwykłe organy ścigania są za słabe na zlikwidowanie systemu wyłudzeń. Ów "system", mimo zmiany rządu, istnieje w dalszym ciągu i chwali się (publicznie!), że zablokuje uchwalenie nowej ustawy o podatku od towarów i usług (projekt PiS), który likwiduje wszystkie sukcesy lobbystyczne klienteli liberalnych polityków.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej w dniu 22 października 2015 r. wydał orzeczenie, które może okazać się bardzo ważne dla podatników, którym organy podatkowe podważyły prawo do odliczenia podatku VAT. Trybunał uznał, że organy podatkowe nie mogą w sposób generalny wymagać, żeby podatnik badał, czy wystawca faktury za towary lub usługi, których odliczenie ma dotyczyć, dysponuje danymi towarami i czy jest w stanie je dostarczyć oraz czy wywiązuje się z obowiązku złożenia deklaracji i zapłaty podatku VAT, w celu upewnienia się, że podmioty działające na wcześniejszych etapach obrotu nie dopuszczają się nieprawidłowości lub przestępstwa, albo żeby podatnik ten posiadał potwierdzające to dokumenty.
