Opłata paliwowa została wprowadzona celem (z założenia) dostarczenia środków niezbędnych do budowy i modernizacji infrastruktury drogowej i kolejowej. Mogłoby się więc wydawać, że opłata paliwowa powinna obciążać wyłącznie paliwa przeznaczone do środków transportu lądowego. Tak jednak nie jest. Polski ustawodawca zdecydował bowiem, że opłata paliwowa obejmuje również paliwa lotnicze, co oznacza, że użytkownicy statków powietrznych są zmuszani do ponoszenia kosztów budowy i rozbudowy infrastruktury drogowej i kolejowej, z której posiadane przez nich statki powietrzne nie korzystają.
Węgiel i inne wyroby węglowe w praktyce opodatkowane są w Polsce akcyzą od 2 stycznia 2012 r., przy czym prawodawca dokonywał w tym zakresie różnych zmian. Na szczęście prowadziły one w kierunku zarówno uproszczenia systemu opodatkowania obrotu węglem, jak i zmniejszenia uciążliwości obowiązków nałożonych na uczestników tego obrotu. Mimo to właśnie te zmiany, paradoksalnie, stały się źródłem błędów, które mogą boleśnie (bo finansowo) dotknąć przedsiębiorców. Teraz pytania powracają ze względu na rozpoczynający się sezon grzewczy.
Zdaniem Ministerstwa Finansów właściwości oleju opałowego umożliwiają użycie go wprost do napędu pojazdów zamiast oleju napędowego. Podstawową przyczyną występowania nieprawidłowości polegających na wykorzystywaniu oleju opałowego niezgodnie z jego przeznaczeniem, jak zauważa MF, jest wysokie zróżnicowanie opodatkowania obu rodzajów paliw (olej napędowy - 1.458,52 zł/ 1000 l (akcyza i opłata paliwowa), olej opałowy - 232,00 zł/1000 l).
Podmioty, które zużywają w swojej działalności alkohol całkowicie skażony powinny dokonać weryfikacji jaką metodą został skażony alkohol m.in. poprzez analizę protokołu skażenia. W szczególności, sprawdzeniu powinien podlegać alkohol nabywany w kraju. Przed wejściem w życie rozporządzenia wykonawczego nr 162/2013 wiele podmiotów w Polsce skażało alkohol skażalnikiem węgierskim czy też łotewskim, który był chętnie wykorzystywany przez podmioty z branży kosmetycznej czy farmaceutycznej. W świetle wydanej interpretacji ogólnej, alkohol skażony według procedury łotewskiej czy węgierskiej nadal może korzystać ze zwolnienia z akcyzy jednakże pod warunkiem, że skażenie alkoholu odbyło się na Węgrzech czy na Łotwie (co powinno wynikać m.in. z protokołu skażenia).