Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Wskutek połączenia, spółka przejmująca staje się właścicielem aktywów innej spółki i wypracowanego przez nią know-how, dzięki któremu może np. zreorganizować kadrę pracowniczą, zmniejszyć koszty administracyjne oraz zwiększyć lub zróżnicować produkcję. To w rezultacie daje przewagę konkurencyjną na rynku. Dodatkowo jednym z najpowszechniejszych skojarzeń związanych z restrukturyzacją spółek jest kwestia podatkowa, jak np. odliczenie straty, kontynuacja odpisów amortyzacyjnych, czy też brak uznania za dochód nadwyżki przejętego majątku.
W przypadku planowanego podziału spółki kapitałowej dokonywanego przez przeniesienie części przedsiębiorstwa stanowiącej zorganizowany zespół składników majątkowych, materialnych i niematerialnych oraz zobowiązań – zorganizowaną część przedsiębiorstwa (ZCP) w trybie art. 529 § 1 k.s.h., ważnym zagadnieniem wpływającym na prawidłowość przebiegu podziału będzie określenie miejsca rozliczenia sprzedaży opodatkowanej – podatku należnego, realizowanej przez spółkę dzieloną w trakcie dokonywania podziału. Duże znaczenie posiada to, czy podatek należny od danej sprzedaży realizowanej przez ZCP rozliczany jest jeszcze przez spółkę dzieloną, czy też przez spółkę przejmującą.
Transakcja polegająca na połączeniu spółek, w ramach której dochodzi do przejęcia jednej z nich, nie stanowi ani odpłatnej dostawy towarów, ani odpłatnego świadczenia usług. W związku z tym, na żadnej ze stron nie będzie ciążyć obowiązek zapłaty podatku od towarów i usług. Powyższe nie oznacza jednak, że strony takiej transakcji są wolne od jakichkolwiek obowiązków wynikających z przepisów ustawy o VAT.