Jak podają media cytując urzędników resortu finansów, pod koniec sierpnia 2016 r. wpłynęło ponad 6 tys. elektronicznych informacji na temat ewidencji prowadzonej dla potrzeb VAT. Wszystkie podmioty sektora publicznego oraz szkoły wyższe i jednostki badawcze, które, zgodnie z interpretacją tegoż resortu, też są jakoby dużymi podatnikami (choć są na ten temat inne poglądy prawne), zwolniono z tego obowiązku, bo nie były w stanie mu podołać: nie miały pieniędzy aby dać zarobić firmom informatycznym. Ponoć jest ich około 3 tysięcy, czyli jedna trzecia ogółu. Nikt nie może zrozumieć panującego tu bałaganu, który przy pomocy wątpliwych poglądów narzuca podatnikom obowiązki, a potem z nich zwalnia.
Do 25 sierpnia 2016 roku przedsiębiorstwa, które zatrudniają przynajmniej 250 osób lub też spełniają kryteria wartościowe dla dużych firm muszą przesłać obligatoryjnie do urzędów skarbowych Jednolity Plik Kontrolny zawierający ewidencję sprzedaży i zakupu VAT. Dodatkowo firmy muszą być przygotowane na przedstawienie struktur obejmujących księgi rachunkowe, magazyny, faktury VAT, podatkową księgę przychodów i rozchodów oraz ewidencję ryczałtową na żądanie organów podatkowych. Obowiązek sporządzania struktur JPK „Wyciąg bankowy", chociaż teoretycznie wciąż spoczywa na podatniku, w praktyce został już przerzucony na banki.
Przedsiębiorcy zobowiązani są do wystawiania faktur w dwóch egzemplarzach, z czego jeden otrzymuje nabywca towaru lub usługi, natomiast drugi zachowuje w swojej dokumentacji sprzedawca. Obowiązujące obecnie przepisy nie wskazują, że faktury należy oznaczać jako “oryginał” i “kopia”. Zdarza się jednak, że sprzedawcy nadal stosują opis oryginał/kopia. Czy jest zatem możliwe odliczenie VAT z faktury, która ma oznaczenie „kopia”?
W przypadku, gdy nabywca otrzyma fakturę zawierającą błędy w elementach nazwy sprzedawcy lub nabywcy albo oznaczenia towaru lub usługi, może je skorygować notą korygującą. Należy jednak podkreślić, że wystawienie noty korygującej nie może prowadzić do zmiany podmiotu umowy sprzedaży. W przypadku, gdy błędne są wszystkie dane nabywcy wskazane na fakturze, nie jest dopuszczalne jej korygowanie w drodze noty korygującej. Jedynym sposobem naprawienia tego typu błędu jest wystawienie faktury korygującej przez sprzedawcę.
Dokonanie czynności objętej zakresem opodatkowania VAT powoduje konieczność wystawienia faktury. W przypadku natomiast otrzymania zaliczki na poczet wykonania takiej czynności, podatnik jest zobowiązany wystawić fakturą zaliczkową, dokumentującą otrzymaną od kupującego wpłatę. Dodatkowo, gdy została wystawiona więcej niż jedna faktura zaliczkowa dokumentująca otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery poprzednich faktur.