Relatywnie krótka praktyka stosowania JPK zdążyła wzbudzić szereg wątpliwości, które spędzają sen z powiek podatnikom. Narzędzie mające w założeniu usprawnić i przyśpieszyć pracę organów podatkowych, a co się z tym wiąże ułatwić życie kontrolowanym, zdaje się być wysoko problematyczne. Pomimo bowiem odpowiedzi, które zostały zamieszczone na stronie resortu finansów, wciąż pozostają pewne niedopowiedzenia, wskazując na niekompletność regulacji w tym względzie (brak dalekowzroczności ustawodawcy).
Od rozliczenia za styczeń 2017 r. podatnicy VAT czynni, którzy prowadzą ewidencje VAT w formie elektronicznej, będą mieli obowiązek ich przesyłania w formacie JPK_VAT (art. 82 § 1b Ordynacji podatkowej). Obowiązek ten będzie dotyczył podatników, którzy posiadają status małego lub średniego przedsiębiorcy. Dotyczy to również podatników, którzy nie są przedsiębiorcami, np. JST. Status ten ustalamy na podstawie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Utworzenie Krajowej Administracji Skarbowej, czyli połączenie służby celnej, administracji podatkowej i kontroli skarbowej, planowane na 1 stycznia 2017 r., to nie reforma służb podległych Ministerstwu Finansów, co najwyżej modernizacja, która sankcjonuje prawnie dotychczasowy stopień upolitycznienia organów skarbowych - oceniono w raporcie Centrum Analiz i Studiów Podatkowych SGH.
Podatnicy będący osobami fizycznymi, którzy muszą dokonać zgłoszenia aktualnego adresu miejsca zamieszkania, danych kontaktowych czy też rachunku bankowego, mogą to zrobić na specjalnie do tego celu przeznaczonym formularzu - ZAP-3. Jest to zgłoszenie aktualizacyjne, które, gdy zajdzie konieczność aktualizacji powyższych danych, należy złożyć we właściwym urzędzie skarbowym.