Kontrola podatkowa, Spółka z o.o.

Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością pozostaje jednym z najczęściej wybieranych modeli prowadzenia działalności gospodarczej w Polsce. W 2025 roku proces rejestracji jest w pełni cyfrowy, a pozorne uproszczenie procedury sprawia, że wielu przedsiębiorców zakłada spółki „od ręki”, nie przewidując potencjalnych konsekwencji. Niestety, błędy popełnione na starcie mogą skutkować realnymi problemami organizacyjnymi, podatkowymi i prawnymi, które ujawniają się dopiero po miesiącach – lub latach.

Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością to popularna forma prowadzenia biznesu w Polsce, ceniona za ograniczenie ryzyka osobistego wspólników. Niesie ona jednak ze sobą szczególną cechę – tzw. podwójne opodatkowanie zysków. Oznacza to, że najpierw sama spółka płaci podatek CIT od swojego dochodu (9% lub 19%), a następnie, gdy zysk jest wypłacany wspólnikom, wspólnik musi zapłacić podatek dochodowy PIT od otrzymanych środków. Dla wielu początkujących przedsiębiorców jest to duże zaskoczenie, ponieważ w jednoosobowej działalności gospodarczej można swobodnie dysponować zyskiem i płaci się podatek tylko raz. W spółce z o.o. majątek spółki jest odrębny od majątku prywatnego właścicieli, więc każda wypłata pieniędzy ze spółki na rzecz wspólnika lub członka zarządu musi mieć podstawę prawną. Poniżej przedstawiamy wszystkie legalne metody „wyjęcia” środków ze spółki z o.o., wraz z krótkim omówieniem zasad ich stosowania oraz konsekwencji podatkowych i ewentualnych ryzyk.

Choć liczba kontroli podatkowych w Polsce od 2023 roku spada, ich skuteczność jest wyższa niż kiedykolwiek. W 2024 roku aż 98,1% kontroli podatkowych oraz 94% kontroli celno-skarbowych zakończyło się wykryciem nieprawidłowości. Urzędy skarbowe, dzięki wykorzystaniu narzędzi analitycznych takich jak STIR, JPK czy big data, trafnie typują podmioty do weryfikacji, skupiając się na firmach obecnych na rynku i rzeczywiście dostępnych dla egzekucji zobowiązań. W efekcie kontrola może spotkać każdego podatnika, który nieświadomie popełnił błąd lub padł ofiarą nieuczciwego kontrahenta.

Fundacja wygrała przed WSA w Gliwicach spór o 84 tys. zł podatku, bo fiskus nie zdążył przed upływem terminu przedawnienia. Kontrola trwała ponad 5 lat, a urzędnicy nie przestrzegali procedur. Sprawa pokazuje, że przepisy podatkowe działają w obie strony – także na korzyść podatnika.

Ministerstwo Finansów przygotowało projekt nowelizacji Ordynacji podatkowej, która ma m.in. na celu zmobilizowanie organów podatkowych do zakończenia kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej w terminie nie dłuższym niż 6 miesięcy od dnia jej wszczęcia. Jeżeli to się nie stanie, to nie będzie można podatnikowi naliczyć odsetek od zaległości podatkowych (odsetek za zwłokę) stwierdzonych w toku kontroli.

Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością, jako osoba prawna, działa przez swoje organy. Za prowadzenie spraw spółki i jej reprezentowanie odpowiedzialny jest zarząd. Mnogość obowiązków w firmie może jednak sprawić, że członkowie zarządu będą potrzebowali pomocy.

Kiedy trzeba skorygować dane na fakturze, czy zawsze do tego potrzebna jest faktura korygująca. Czym faktura korygująca różni się od zwykłej faktury i jakie elementy musi zawierać, by kontrola podatkowa nie zakwestionowała prawidłowego księgowania.

Przedsiębiorcy od lat zmagają się z kontrolami podatkowymi wszczynanymi przez urzędników skarbowych bez uprzedniego zawiadomienia. Czy wydany w kwietniu 2024 r. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie położy kres tej szkodliwej praktyce? Czy informacja o przeciwdziałaniu przestępstwu powinna być uzasadniona? Czy pomimo niedopuszczalności wniesienia sprzeciwu, przedsiębiorcy przysługuje prawo rozpoznania sprawy przez sąd administracyjny? 

Kontrola podatkowa, to oczywiście nic przyjemnego dla podatnika ale czasem się zdarza. Na taką okoliczność trzeba być przygotowanym. W szczególności warto wiedzieć, że taka kontrola z urzędu skarbowego powinna być w większości przypadków zapowiedziana z 7-dniowym wyprzedzeniem. Ale od tej zasady są niestety liczne wyjątki. Zobaczmy co na ten temat mówią przepisy.

Ministerstwo Finansów podało, że w 2023 roku wszczęto prawie 29 proc. mniej kontroli podatkowych niż rok wcześniej. Jednak wciąż są one bardzo skuteczne, w 97,6 proc. stwierdzono nieprawidłowości. Czy w tym roku będzie podobnie? Na pewno w związku z tzw. dyrektywą DAC7, fiskus będzie sprawdzać, czy firmy korzystające z internetowych platform sprzedażowych nie uchylają się od płacenia podatków.

Zarząd spółki z o.o. nie jest ślepym wykonawcą poleceń wspólników, a samodzielnym organem podlegającym odpowiedzialności karnej – orzekł sąd w Piotrkowie Trybunalskim w sprawie prezesa spółki, który chciał uniknąć odpowiedzialności za przestępstwo skarbowe tłumacząc, że to nie on, a spółka podejmowała działania, które zostały uznane za czyn zabroniony.

Na uzasadnione żądanie organu, należy przetłumaczyć obcojęzyczny dokument na język polski. Tłumaczenie takie powinno być wiarygodne, zatem - jak uznaje się w doktrynie oraz orzecznictwie – sporządzone przez tłumacza przysięgłego. Zgodnie z wyraźnym uregulowaniem ordynacji podatkowej oraz ustawy o KAS, koszty takich tłumaczeń pokrywa przedsiębiorca. Wielu przedsiębiorców stoi przed wyzwaniem zminimalizowania kosztów tłumaczeń przysięgłych, które niejednokrotnie mogą – w przypadku obszernych dokumentów – wynosić nawet do kilkunastu czy kilkudziesięciu tysięcy złotych.