Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
Główną cechą podatku od towarów i usług (dalej podatek „VAT”) jest jego neutralność. Zakłada ona, iż, co do zasady, podatek VAT nie powinien stanowić obciążenia dla przedsiębiorcy, który nie jest ostatecznym konsumentem towaru lub usługi. Oznacza to, że ekonomiczny ciężar podatku zostaje przesunięty na podmiot, który „zużywa” dany towar lub „konsumuje” daną usługę. Wyrazem neutralności tego podatku dla przedsiębiorcy jest prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, które powstaje wraz z pojawieniem się nadwyżki podatku naliczonego nad podatkiem należnym.
Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.