Nie można pozbawić prawa odliczenia VAT naliczonego podatnika VAT, który mimo zachowania należytej staranności nie wiedział i nie mógł wiedzieć, że w ramach danej transakcji dostawca dopuścił się przestępstwa lub że inna transakcja w łańcuchu dostaw, dokonana przed transakcją przeprowadzoną przez owego podatnika lub po niej, miała miejsce z naruszeniem przepisów o podatku VAT. Problem w tym, że przepisy nie określają standardów owej należytej staranności, a praktyka organów podatkowych jest różna. Ministerstwo Finansów przygotowuje listę działań świadczących o należytej staranności i dobrej wierze podatnika VAT.
Wynajem służbowego samochodu pracownikowi, nawet na warunkach rynkowych, przekreśla możliwość odliczenia pełnego VAT - tak uznał NSA w dwu wyrokach. Sąd orzekł, że taki wynajem nie jest działalnością gospodarczą i nie daje pewności, że pojazd będzie wykorzystywany wyłącznie dla tych celów. Należy więc przyjąć, że samochód jest wykorzystywany w sposób mieszany.
Pracownicy otrzymują od swoich pracodawców różnego rodzaju świadczenia. Na sposób rozliczenia VAT z tego tytułu wpływa m.in. to, czy obowiązek spełnienia danego świadczenia wynika z odrębnych przepisów (głównie prawa pracy), czy też jest to świadczenie wynikające z dobrej woli pracodawcy. Nie bez znaczenia, dla właściwego rozliczenia podatku od świadczeń dokonanych na rzecz pracowników, jest również źródło finansowania wydatków. Mimo że przepisy w tym zakresie od dawna nie uległy zmianie, organy podatkowe często zmieniają swoje stanowiska na temat rozliczenia tych świadczeń.
18 stycznia 2017 r. Trybunał Sprawiedliwości UE wydał wyrok, w którym orzekł, że kwoty, jakie otrzymują artyści i wydawcy z tytułu opłat reprograficznych, nie podlegają opodatkowaniu podatkiem VAT. Zdaniem Janiny Fornalik, partnera w firmie doradczej MDDP skutki tego wyroku mogą być skomplikowane. Niektórzy podatnicy będą mogli odzyskać VAT, ale niektórzy będą musieli zwrócić wcześniej odliczony VAT.
Na koniec 2016 roku luka w VAT, czyli różnica między realnymi wpływami a możliwymi do osiągnięcia, może spaść do około 45 mld zł, czyli 2,5 proc. PKB - tak wynika z obliczeń PwC. W 2015 r. luka w VAT wyniosła 49 mld zł, czyli 2,8 proc. PKB.
Podatnik VAT, który prowadzi działalność mieszaną inaczej odlicza VAT z faktur dokumentujących jego zakupy, w sytuacji gdy tego, co kupuje, używa zarówno do czynności opodatkowanych, jak i do zwolnionych. Dotyczy to przykładowo faktur za internet, czy usługi księgowe.