Kompensata wzajemnych wierzytelności nie wyklucza ubiegania się przez podatnika o zwrot podatku w terminie 25 dni. Tym samym, warunek otrzymania przyspieszonego zwrotu nadwyżki podatku, należy uznać za spełniony także wtedy, gdy w miejsce zapłaty należności z faktury, podatnik i wystawca faktury dokonają wzajemnego potrącenia przysługujących im wierzytelności, gdyż kompensata należności jest dopuszczalną prawnie formą rozliczeń.
Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.