Podatników obowiązuje zasada, że mogą odliczać VAT od zakupów, które są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Zasada ta nie uległa zmianie. Ustawodawca wprowadził natomiast do ustawy o VAT, obok funkcjonującej od dawna proporcji, tzw. preproporcję, która pozwala ustalić, jaka część VAT naliczonego jest związana ze sprzedażą podlegającą VAT, gdy podatnik wykonuje również czynności, które nie stanowią działalności według ustawy o VAT. Dla podatników jest to nowość.
W przypadku gdy podatnik podatku od towarów i usług (VAT) pozwala na korzystanie z jego nieruchomości przez inny podmiot bez tytułu prawnego, może być zobowiązany do zapłaty podatku podatku od towarów i usług (VAT). Co więcej, zdaniem organów podatkowych, obowiązek zapłaty podatku może pojawić się również w przypadku, gdy podatnik nie wiedział, że ktoś bezprawnie korzysta z jego własności.
Ministerstwo Finansów poinformowało, że z dniem 1 stycznia 2016 r. ulega zmianie podstawowa zasada określania właściwości organów podatkowych w zakresie podatku VAT. Właściwość organów podatkowych będzie co do zasady ustalana na ogólnych zasadach wynikających z Ordynacji podatkowej, tj. ze względu na siedzibę podatnika, jeżeli podatnik jest osoba prawną lub jednostką niemającą osobowości prawnej, oraz ze względu na miejsce zamieszkania, jeżeli podatnik jest osobą fizyczną.
Zgodnie z art. 7 ust. 2 ustawy o VAT jeśli podatnikowi przysługiwało w całości lub w części prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu, imporcie, wytworzeniu towarów lub części składowych, to dostawa tych towarów nawet jeśli jest nieodpłatna podlega VAT. Dotyczy to w szczególności przekazania lub zużycia towarów na cele osobiste np. podatnika, jego pracowników, byłych pracowników, wspólników oraz wszelkie darowizny.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Jako gmina ponosimy szereg wydatków, które są związane zarówno z działalnością w zakresie obszaru publicznoprawnego, jak i cywilnoprawnego (w tym zarówno ze sprzedażą opodatkowaną określoną stawką VAT, jak i sprzedaż zwolnioną z VAT) i w odniesieniu do których nie jesteśmy w stanie przyporządkować, jaka ich część związana jest z każdym z obszarów działalności. Są to w szczególności wydatki związane z utrzymaniem budynku urzędu gminy, takie jak: środki czystości, materiały biurowe, wyposażenie pomieszczeń, sprzęt komputerowy, energia elektryczna, ciepło, woda, wywóz nieczystości, usługi remontowe, usługi telekomunikacyjne, usługi prawnicze, doradcze, IT. Czy wykorzystując ww. wydatki „mieszane" również do czynności z obszaru publicznoprawnego musimy ustalać podstawę opodatkowania i naliczać VAT?