Właściwa ocena czy podatek VAT jest kosztem kwalifikowanym (czyli takim, który może być zrefundowany w ramach dofinansowania) może być trudna, a po jej dokonaniu może okazać się, że z przyczyn niezależnych od beneficjenta jego kwalifikacja ulega zmianie. Problem ten dotyczy przede wszystkim jednostek samorządu terytorialnego, ale także innych podmiotów takich jak jednostki naukowe, organizacje pożytku publicznego czy przedsiębiorców, którzy korzystali z funduszy unijnych i krajowych, a którzy zmienili lub chcą zmienić rodzaj prowadzonej działalności na opodatkowaną VAT, tj. decydują się na komercyjne wykorzystanie powstałej z dotacji infrastruktury.
Za moment dokonania dostawy kompleksu należy uznać moment dostarczenia ostatniego elementu składającego się na całość kompleksu. W przypadku dostawy kompleksu na terenie Polski obowiązek podatkowy powstanie z chwilą dostarczenia ostatniego elementu składającego się na całość kompleksu, a w przypadku gdy przed tym dniem spółka otrzyma całość lub część zapłaty, obowiązek podatkowy powstanie z chwilą otrzymania takiej zapłaty w odniesieniu do otrzymanej kwoty. Natomiast przypadku wewnątrzwspólnotowej dostawy kompleksu, obowiązek podatkowy powstanie z chwilą wystawienia przez spółkę ostatecznej faktury dokumentującej dostawę kompleksu, nie później niż 15 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dostarczony zostanie ostatni element składający się na całość kompleksu.
Przedsiębiorcy zobowiązani są do wystawiania faktur w dwóch egzemplarzach, z czego jeden otrzymuje nabywca towaru lub usługi, natomiast drugi zachowuje w swojej dokumentacji sprzedawca. Obowiązujące obecnie przepisy nie wskazują, że faktury należy oznaczać jako “oryginał” i “kopia”. Zdarza się jednak, że sprzedawcy nadal stosują opis oryginał/kopia. Czy jest zatem możliwe odliczenie VAT z faktury, która ma oznaczenie „kopia”?
Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 29 stycznia 2016 r., (sygn. akt II FSK 3178/13) rozstrzygnął kwestię tego, jak należy interpretować termin ,,wartość zadłużenia”, o którym mowa w art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (przepisy dot. tzw. cienkiej kapitalizacji). W orzecznictwie sporne jest, czy przez to określenie rozumieć trzeba jedynie wartość pożyczek czy też wszystkich zobowiązań wobec podmiotu powiązanego.