Polski podatnik, który sprzedaje towar zagranicznym kontrahentom, jest zazwyczaj uprawniony do rozliczenia WDT, gdy towar jest transportowany do UE, lub eksportu, gdy towar jest transportowany poza UE, i może zastosować stawkę 0%. Nie zawsze jednak sytuacja jest tak prosta.
W wyroku z dnia 5 marca 2014 r. (sygn. akt II FSK 481/12) Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że przepis art. 12 ust. 1 pkt 7 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, odsyłając do odpowiedniego stosowania art. 14 ust. 1-3 ww. ustawy, upoważnia organy podatkowe do weryfikacji wartości udziałów/akcji, określonej w umowie lub w statucie spółki, w sytuacji, gdy wartość nominalna obejmowanych udziałów, tj. wartość przedmiotu aportu określona w „cenie” jego zbycia, w sposób znaczny odbiega od wartości rynkowej przedmiotu wkładu i jednocześnie nie znajduje to uzasadnionych przyczyn w rozumieniu art. 14 ust. 1 ww. ustawy.
Nabywca może odliczyć VAT w rozliczeniu za okres, kiedy u sprzedawcy powstał obowiązek podatkowy, ale nie później niż w rozliczeniu za okres, kiedy otrzymał fakturę. Dla dostawy towarów obowiązek podatkowy powstaje z chwilą dokonania dostawy. Dla ustalenia, czy doszło do dostawy towarów, nie ma znaczenia, czy na nabywcę przeszło prawo własności. Znaczenie ma fakt, czy nabywca ma faktyczną możliwość dysponowania otrzymanym towarem.