Co decyduje o tym, czy wynagrodzenie stanowi koszt kwalifikowany, a więc taki, który dodatkowo, w ramach ulgi na badania i rozwój, można odliczyć od przychodu. Zdaniem dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej o odliczeniu kosztów pracowniczych nie decydują zapisy w umowie o pracę, a liczy się faktyczna realizacja zadań badawczo-rozwojowych.
Naczelny Sąd Administracyjny wydał wyrok, w którym uznał, że przepis art. 6 ust. 1 pkt 10a ustawy o CIT miał na celu zapewnienie możliwości skorzystania ze zwolnienia przez instytucje wspólnego inwestowania posiadające siedzibę w innym państwie członkowskim, które są odpowiednikiem polskich funduszy inwestycyjnych, o których mowa w art. 6 ust. 1 pkt 10 ustawy o CIT. Zagraniczne fundusze mają być więc podobne co do istoty, natomiast nie ma wymogu, aby były identyczne co do struktury i organizacji do funduszy powstałych na gruncie polskich przepisów.