Relatywnie krótka praktyka stosowania JPK zdążyła wzbudzić szereg wątpliwości, które spędzają sen z powiek podatnikom. Narzędzie mające w założeniu usprawnić i przyśpieszyć pracę organów podatkowych, a co się z tym wiąże ułatwić życie kontrolowanym, zdaje się być wysoko problematyczne. Pomimo bowiem odpowiedzi, które zostały zamieszczone na stronie resortu finansów, wciąż pozostają pewne niedopowiedzenia, wskazując na niekompletność regulacji w tym względzie (brak dalekowzroczności ustawodawcy).
Zmiany w ustawie o VAT, które wchodzą w życie 1 stycznia 2017 r., zapewnią organom podatkowym nowe uprawnienia, natomiast podatnikom przysporzą nowych obowiązków. – Przepisy zawarte w nowelizacji uderzą m.in. w budowlańców, którym grozić będzie sankcja w wysokości 30 lub nawet 100% VAT – zauważa Arkadiusz Łagowski, doradca podatkowy w Grant Thornton.
Przygotowując na rok 2017 r. nowelizację ustawy o VAT, która ma uszczelnić system poboru tego podatku (przynosząc budżetowi zyski rzędu 3,4 mld zł rocznie), zapomniano, że system ten należałoby nie tylko uszczelnić, ale także uprościć. W przeciwnym wypadku nawet najkorzystniejsze plany poprawy kondycji stanu finansów państwa mogą spalić na panewce.
Od rozliczenia za styczeń 2017 r. podatnicy VAT czynni, którzy prowadzą ewidencje VAT w formie elektronicznej, będą mieli obowiązek ich przesyłania w formacie JPK_VAT (art. 82 § 1b Ordynacji podatkowej). Obowiązek ten będzie dotyczył podatników, którzy posiadają status małego lub średniego przedsiębiorcy. Dotyczy to również podatników, którzy nie są przedsiębiorcami, np. JST. Status ten ustalamy na podstawie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Jak podają media cytując urzędników resortu finansów, pod koniec sierpnia 2016 r. wpłynęło ponad 6 tys. elektronicznych informacji na temat ewidencji prowadzonej dla potrzeb VAT. Wszystkie podmioty sektora publicznego oraz szkoły wyższe i jednostki badawcze, które, zgodnie z interpretacją tegoż resortu, też są jakoby dużymi podatnikami (choć są na ten temat inne poglądy prawne), zwolniono z tego obowiązku, bo nie były w stanie mu podołać: nie miały pieniędzy aby dać zarobić firmom informatycznym. Ponoć jest ich około 3 tysięcy, czyli jedna trzecia ogółu. Nikt nie może zrozumieć panującego tu bałaganu, który przy pomocy wątpliwych poglądów narzuca podatnikom obowiązki, a potem z nich zwalnia.