Jak podają media cytując urzędników resortu finansów, pod koniec sierpnia 2016 r. wpłynęło ponad 6 tys. elektronicznych informacji na temat ewidencji prowadzonej dla potrzeb VAT. Wszystkie podmioty sektora publicznego oraz szkoły wyższe i jednostki badawcze, które, zgodnie z interpretacją tegoż resortu, też są jakoby dużymi podatnikami (choć są na ten temat inne poglądy prawne), zwolniono z tego obowiązku, bo nie były w stanie mu podołać: nie miały pieniędzy aby dać zarobić firmom informatycznym. Ponoć jest ich około 3 tysięcy, czyli jedna trzecia ogółu. Nikt nie może zrozumieć panującego tu bałaganu, który przy pomocy wątpliwych poglądów narzuca podatnikom obowiązki, a potem z nich zwalnia.
Do 25 sierpnia 2016 roku przedsiębiorstwa, które zatrudniają przynajmniej 250 osób lub też spełniają kryteria wartościowe dla dużych firm muszą przesłać obligatoryjnie do urzędów skarbowych Jednolity Plik Kontrolny zawierający ewidencję sprzedaży i zakupu VAT. Dodatkowo firmy muszą być przygotowane na przedstawienie struktur obejmujących księgi rachunkowe, magazyny, faktury VAT, podatkową księgę przychodów i rozchodów oraz ewidencję ryczałtową na żądanie organów podatkowych. Obowiązek sporządzania struktur JPK „Wyciąg bankowy", chociaż teoretycznie wciąż spoczywa na podatniku, w praktyce został już przerzucony na banki.
Z przedstawionego dokumentu Komisji Europejskiej dotyczącego podatku VAT wynika, że obecny schemat rozliczania transakcji wspólnotowych ma być zastąpiony takim, w którym transakcje transgraniczne traktowane będą tak, jak transakcje krajowe. Wprowadzenie zmian może ograniczyć skalę nadużyć, m.in. poprzez zmniejszenie liczby podmiotów, które otrzymają zwrot podatku VAT dzięki stosowaniu stawki 0 proc.
Zdarza się, że podatnik dokonujący sprzedaży towarów na terytorium Polski, posiada również oddział w innym kraju Unii Europejskiej. W toku wykonywanej działalności przemieszcza towary pomiędzy centralą a oddziałem. W takim wypadku powstaje pytanie, w jaki sposób należy, na gruncie podatku od towarów i usług, rozpoznać tego typu przemieszczenie. Nie jest to bowiem „zwykła” wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów (zwana dalej także WDT). Podatnik dokonuje wywozu towarów z terytorium kraju (Polski), niemniej jednak wywóz ten nie następuje w ramach dostawy towarów na rzecz podatnika podatku od wartości dodanej. Jest to jedynie przemieszczenie towarów należących do przedsiębiorstwa podatnika.
Kilka razy w miesiącu dokonujemy przesunięć naszych towarów do magazynu położonego w Niemczech. Przesunięcia te poświadczamy dokumentami wewnętrznymi, które zasadniczo zawierają te same dane, które zwykle znajdują się na fakturze, jednak nie oznaczamy ich jako „faktura", lecz jako „MM". Czy powinniśmy mimo to uznać, że wystawiony dokument przesunięć międzymagazynowych jest jednak fakturą i stosownie do tego rozpoznać obowiązek podatkowy dla tej czynności?
Sytuacja przedsiębiorców nieświadomie uczestniczących w transakcjach z nieuczciwymi kontrahentami, z prawnego punktu widzenia, nie jest aż tak zła, jak mogłyby na to wskazywać, wydawane często na wyrost, decyzje organów podatkowych. Nawet w przypadku, gdyby okazało się, że kontrahent okazał się oszustem podatkowym, możliwe jest otrzymanie zwrotu VAT.
