Od 1 lipca 2020 r., w wyniku nowelizacji ustawy o podatku od towarów usług (ustawa o VAT), wprowadzone zostały m.in. nowe warunki stosowania stawki 0% przy wewnątrzwspólnotowej dostawie towarów (WDT). Zmiany te stanowiły implementację dyrektywy Rady UE 2018/1910 zmieniającej unijną dyrektywę VAT (tzw. dyrektywa quick fixes, mająca na celu ujednolicić i uprościć określone procedury w handlu wewnątrzwspólnotowym), która nie została implementowana w terminie do dnia 1 stycznia 2020 r. Jednocześnie od 1 stycznia 2020 r. bezpośrednio w całej UE obowiązuje rozporządzenie wykonawcze Rady UE 2018/1912, nowelizujące rozporządzenie wykonawcze wydane do dyrektywy VAT.
Organ podatkowy uznał, że firma brała udział w karuzeli VAT i zakwestionował wiele działań przedsiębiorcy. Pośród zarzutów mających uzasadnić odmowę prawa do odliczenia VAT znalazł się również taki, że nie dochował on należytej staranności przy przeprowadzaniu transakcji, bo nie poddał swojego dostawcy weryfikacji, uznając go za wiarygodnego na podstawie wieloletniej współpracy. Jak podsumował to Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu: „Stwierdzenie takie jest oczywiście sprzeczne z logiką, doświadczeniem życiowym i realiami funkcjonowania obrotu gospodarczego” (wyrok z 17 marca 2020 r., sygn. akt I SA/Wr 768/19).
W świetle art. 86 ust. 10 ustawy o VAT, prawo do odliczenia podatku naliczonego z otrzymanej faktury powstaje zasadniczo w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych towarów i usług powstał obowiązek podatkowy (z reguły: dzień wykonania usługi lub dokonania dostawy). Przy czym, jak wynika z art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy o VAT, uprawnienie to nie zaistnieje wcześniej niż, gdy podatnik otrzymał fakturę.
Mimo zamrożenia gospodarki w ramach walki z pandemią koronawirusa, krajowy i międzynarodowy obrót towarami, z wyłączeniem sprzedaży w galeriach handlowych, odbywa się w miarę normalnie. Niektóre nowe obowiązki przewidziane na nadchodzące miesiące zostały przesunięte w czasie, teraz podatnicy liczą też na bardziej elastyczne podejście organów skarbowych. Walcząc z kryzysem gospodarczym nie należy zapominać o przygotowaniu przedsiębiorstwa do zmieniających się przepisów, trzeba także zadbać o dobrą współpracę z urzędnikami i zarządzanie płatnościami z tytułu danin publicznoprawnych w celu zachowania płynności finansowej.
Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
