Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Przepisy unijne nie stoją na przeszkodzie, w kontekście zasady skuteczności ścigania w sprawach przestępstw z dziedziny podatku VAT, stosowaniu przez sąd krajowy przepisu krajowego stanowiącego, że należy odrzucić w postępowaniu podatkowym dowody, takie jak nagrania z podsłuchów telefonicznych, wymagające uprzedniej zgody sądu - tak orzekł Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
Minister Finansów przygotował bardzo obszerny i wielowątkowy projekt nowelizacji ustawy o postępowaniu egzekucyjnym w administracji oraz niektórych innych ustaw. To bardzo ważna ustawa zwłaszcza dla podatników, bowiem egzekucji administracyjnej podlegają m.in. podatki, opłaty, odsetki od zobowiązań podatkowych, grzywny a także np. składki na ubezpieczenia społeczne Projekt ten został opublikowany 25 lutego 2019 r., rozpoczęły się uzgodnienia międzyresortowe, konsultacje publiczne i opiniowanie tego projektu. Zdecydowana większość przepisów ma wejść w życie w trakcie 2019 roku.
W projekcie nowej Ordynacji podatkowej, która ma wejść w życie w 2020 r., zaprezentowano sporo zmian dotyczących procedury podatkowej. Wiele propozycji, zdaniem przedsiębiorców z BCC, można ocenić pozytywnie i powinny przyczynić się do szybszego załatwiania spraw w postępowaniach podatkowych i uprościć niektóre niejasne kwestie. Wprowadzono jednak również nowe instytucje, które mogą rodzić wątpliwości i okazać się nieskutecznym rozwiązaniem.
Wierzytelność będąca nadpłatą podatku, powstałą na gruncie przepisów Ordynacji podatkowej, może zostać zajęta w postępowaniu egzekucyjnym prowadzonym przez komornika sądowego lub administracyjny organ egzekucyjny. Jednak w pierwszej kolejności nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych. Dlatego organ podatkowy przed przekazaniem nadpłaty na realizację zajęcia wierzytelności zobowiązany jest do dokonania analizy, czy na podatniku ciążą zaległości i wymagalne zobowiązania podatkowe.
Wielka reforma administracji skarbowej już wkrótce stanie się faktem, z dniem 1 marca 2017 r. zacznie bowiem funkcjonować Krajowa Administracja Skarbowa. Struktura organów podatkowych ulegnie całkowitej zmianie, przez co zapewniony ma zostać skuteczniejszy pobór danin oraz mają powstać nowe, skuteczniejsze narzędzia do walki z nieuczciwymi podatnikami. Zasadnicza część zmian dotyczy więc reformy struktury administracji i dotychczasowych narzędzi, niemniej – jak podkreśla Marcin Książek z Grant Thornton – również podatnicy muszą być świadomi, że część zmian dotknie również ich samych.
Co do zasady koszty postępowania przed organami podatkowymi ponosi Skarb Państwa, województwo, powiat lub gmina. Jest to norma ogólna, wywodząca się z dyspozycji art. 264 Ordynacji podatkowej, niedotycząca wszystkich, możliwych wydatków. Koszty, w większości nie są też zwracane z urzędu, ale na wniosek uczestnika postępowania.
Dobrowolne poddanie się odpowiedzialności przez podatnika jest instytucją prawną, która występuje w polskim prawie tylko w Kodeksie karnym skarbowym. Można wymienić dwie korzyści wynikające z tej instytucji. Pierwszą jest uniknięcie długiego i żmudnego postępowania przed sądem, zaś drugą, istotniejszą, jest to, że prawomocny wyrok o zezwoleniu na dobrowolne poddanie się odpowiedzialności nie podlega wpisowi do Krajowego Rejestru Karnego.