Aby móc potrącić koszty, podatnik musi zgromadzić odpowiednie dowody ich poniesienia. Co do zasady będą to faktury, podpisane umowy cywilnoprawne czy inne dowody księgowe. W przypadku kosztów, których wpływ na przychody jest trudny do wykazania, podatnik powinien mieć przygotowane, oprócz dowodów księgowych, również inne dowody świadczące o związku danego wydatku z przychodem.
Całkowita wartość szarej strefy w Polsce wyniosła 10,8% PKB, czyli 229 mld PLN, w 2018 r. Gotówkowa szara strefa stanowiła 9,9% PKB, a resztę (0,9% PKB) stanowiła niemonetarna szara strefa (związana przede wszystkim z produkcją gospodarstw domowych na własny użytek). Straty dla finansów publicznych z tytułu gotówkowej szarej strefy szacowane, w postaci utraconych dochodów z VAT oraz z podatków dochodowych od działalności gospodarczej, szacowane są na 38,4 - 48,8 mld PLN (1,82% - 2,31% PKB w 2018 r.). Tak wynika z badań przeprowadzonych przez EY Polska.
Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Ustawa o PIT nie zawiera wykazu wydatków, który przesądzał by o ich zaliczeniu do kosztów uzyskania przychodów. Dlatego przyjmuje się, że kosztami uzyskania przychodów są wszelkie racjonalnie uzasadnione wydatki związane z prowadzoną działalnością, których celem jest osiągnięcie, zabezpieczenie i zachowanie źródła przychodów, tak aby to źródło przynosiło przychody także w przyszłości. Mogą to być takżę wydatki na nabycie uprawnień zawodowych, np. na uzyskanie licencji pilota.
Niektóre wydatki na zakup usług niematerialnych od podmiotów powiązanych podlegają limitowaniu w kosztach uzyskania przychodu na gruncie podatku CIT. Do takich wydatków zalicza się usługi doradcze, reklamowe, zarządzania i kontroli, przetwarzania danych, ubezpieczeń, gwarancji i poręczeń, badania rynku oraz świadczenia o podobnym charakterze.
Minister Finansów potwierdził, że w podatkach dochodowych (PIT i CIT), sformułowania „podatek od wartości dodanej” i polski „podatek od towarów i usług” stanowią celowościowo synonimy opisujące tę samą daninę. Oznacza to powinność analogicznego stosowania do obydwu pojęć rozwiązań przewidzianych w przepisach ustaw o podatkach dochodowych (ustawa o CIT i ustawa o PIT) z wszelkimi konsekwencjami, w zakresie przychodów i kosztów uzyskania przychodów. Prowadzi to w następstwie, w świetle art. 12 ust. 4 pkt 9 ustawy o CIT oraz (odpowiednio) art. 14 ust. 1 ustawy o PIT, do nieuwzględniania w podstawie opodatkowania (stanowiącej przychód netto) podatku od wartości dodanej do celów poboru podatku u źródła, o którym mowa w art. 21 ustawy o CIT i art. 29 ustawy o PIT. Natomiast otrzymanie zwrotu podatku w innym państwie członkowskim w ramach szczególnej procedury VAT-REFUND spowoduje zasadniczo efekt ekonomiczny tożsamy z odliczeniem podatku naliczonego co oznacza, że podatnik nie poniesie ekonomicznego ciężaru podatku.
