Zasadą jest, że każda jednolita gospodarczo transakcja dostawy towarów (m.in. laptopów, smartfonów, konsol do gier), której wartość przekroczy 20 tys. zł netto, powinna być objęta mechanizmem odwróconego VAT. Jak natomiast stosować przepisy dotyczące jednolitej transakcji gospodarczej w przypadku umowy ramowej, udzielenia rabatu obniżającego wartość transakcji, czy też w sytuacji zaprzestania wykonywania umowy współpracy między kontrahentami?
Dochowanie „należytej staranności” jako warunku odliczenia podatku naliczonego VAT jest ostatnio szczególnie popularnym zagadaniem, a to wobec ogromnej ilości postępowań kontrolnych i podatkowych w sprawie oszustw w tym podatku w związku z mechanizmem tzw. „karuzeli podatkowej”. Mechanizm ten polega na „wkręcaniu” uczciwych podatników przez oszustów do łańcucha transakcji obrotu zazwyczaj tym samym towarem. Towar w tych transakcjach zazwyczaj rzeczywiście występuje, tyle że na niektórych etapach obrotu (zarówno przed tym, na którym występuje wkręcany, jak i po). Niekiedy dochodzi do tego jeszcze dostawa wewnątrzwspólnotowa (WDT), której dokonuje uczciwy podatnik, a nabywca z innego kraju UE zazwyczaj jej zaprzecza lub znika.
Jeżeli podatnik zleca pewne czynności podwykonawcom, to nie mamy do czynienia z usługą kompleksową - tak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 11 lutego 2016 r. W ustnym uzasadnieniu sędzia Barbara Wasilewska wskazała, że zgodnie z orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości UE usługa kompleksowa to taka, w której świadczenia są związane tak ściśle, iż podatnik nie może wykonać jednego z nich bez drugiego. Jeżeli obok podatnika pojawia się inny podmiot świadczący usługę (np, podwykonawca), nie może już być mowy o kompleksowości.
Zdarza się, że podatnik dokonujący sprzedaży towarów na terytorium Polski, posiada również oddział w innym kraju Unii Europejskiej. W toku wykonywanej działalności przemieszcza towary pomiędzy centralą a oddziałem. W takim wypadku powstaje pytanie, w jaki sposób należy, na gruncie podatku od towarów i usług, rozpoznać tego typu przemieszczenie. Nie jest to bowiem „zwykła” wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów (zwana dalej także WDT). Podatnik dokonuje wywozu towarów z terytorium kraju (Polski), niemniej jednak wywóz ten nie następuje w ramach dostawy towarów na rzecz podatnika podatku od wartości dodanej. Jest to jedynie przemieszczenie towarów należących do przedsiębiorstwa podatnika.
Zdaniem profesora Witolda Modzelewskiego centralny rejestr faktur niczego dobrego nie przyniesie, a stworzy wiele nowych zagrożeń. Przy pomocy centralnego rejestru faktur będzie np. można zniszczyć każdego przeciwnika. Jak? Bardzo prosto: rejestruje się zupełnie legalną firmę o tej samej nazwie co konkurent, która następnie wystawia tysiące fałszywych faktur i wprowadza je do rejestru (legalnie). Zanim pokrzywdzony wyjaśni, że nie jest wielbłądem, może nie przetrwać najazdu policji i służb skarbowych. Według profesora Modzelewskiego nie mając wiarygodnego wykazu podatników, nie można tworzyć rejestru faktur, bo mnożyć to będzie kolejne fikcje.