Jeżeli podatnik zleca pewne czynności podwykonawcom, to nie mamy do czynienia z usługą kompleksową - tak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 11 lutego 2016 r. W ustnym uzasadnieniu sędzia Barbara Wasilewska wskazała, że zgodnie z orzecznictwem Trybunału Sprawiedliwości UE usługa kompleksowa to taka, w której świadczenia są związane tak ściśle, iż podatnik nie może wykonać jednego z nich bez drugiego. Jeżeli obok podatnika pojawia się inny podmiot świadczący usługę (np, podwykonawca), nie może już być mowy o kompleksowości.
Zdarza się, że podatnik dokonujący sprzedaży towarów na terytorium Polski, posiada również oddział w innym kraju Unii Europejskiej. W toku wykonywanej działalności przemieszcza towary pomiędzy centralą a oddziałem. W takim wypadku powstaje pytanie, w jaki sposób należy, na gruncie podatku od towarów i usług, rozpoznać tego typu przemieszczenie. Nie jest to bowiem „zwykła” wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów (zwana dalej także WDT). Podatnik dokonuje wywozu towarów z terytorium kraju (Polski), niemniej jednak wywóz ten nie następuje w ramach dostawy towarów na rzecz podatnika podatku od wartości dodanej. Jest to jedynie przemieszczenie towarów należących do przedsiębiorstwa podatnika.
Zdaniem profesora Witolda Modzelewskiego centralny rejestr faktur niczego dobrego nie przyniesie, a stworzy wiele nowych zagrożeń. Przy pomocy centralnego rejestru faktur będzie np. można zniszczyć każdego przeciwnika. Jak? Bardzo prosto: rejestruje się zupełnie legalną firmę o tej samej nazwie co konkurent, która następnie wystawia tysiące fałszywych faktur i wprowadza je do rejestru (legalnie). Zanim pokrzywdzony wyjaśni, że nie jest wielbłądem, może nie przetrwać najazdu policji i służb skarbowych. Według profesora Modzelewskiego nie mając wiarygodnego wykazu podatników, nie można tworzyć rejestru faktur, bo mnożyć to będzie kolejne fikcje.
Zdaniem organów podatkowych, jeżeli pracownik zwraca następnie pracodawcy pieniądze za służbową benzynę wykorzystaną do jazd prywatnych, to należy to traktować jak odpłatną dostawę paliwa. A to oznacza, że pracodawca powinien zarejestrować ją w kasie fiskalnej wykazując VAT należny od tej dostawy. Okazuje się jednak, że jest sposób na zwolnienie z VAT (i jednocześnie brak obowiązku instalowania kasy fiskalnej) w tym przypadku. Wystarczy, że firma pobiera od pracownika zryczałtowaną kwotę obejmującą paliwo, jak i inne koszty użytkowania samochodu, np. myjnię czy opłaty za parkingi.