Na podatniku, który dokonuje zaliczenia danego wydatku do kosztów uzyskania przychodów, ciąży obowiązek udowodnienia, iż wydatek ten został faktycznie poniesiony, a także że jest celowy i racjonalny z punktu widzenia prowadzonego obszaru działalności. W związku z powyższym, konieczne jest prawidłowe oraz rzetelne gromadzenie dowodów dokumentujących poniesienie kosztu. Z uwagi na regulacje wynikające z przepisów Ordynacji podatkowej, dowody dokumentujące poniesienie kosztu mającego wpływ na wysokość dochodu podlegającego opodatkowaniu powinny być przechowywane przez okres 5 lat (który liczony jest od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności).
Przedsiębiorcy, którzy rozliczają się z kontrahentami w formie gotówkowej muszą wiedzieć, że od 1 stycznia 2017 roku limit transakcji, które można przeprowadzać bez korzystania z rachunku płatniczego (np. rachunku bankowego), zostanie zmniejszony z obecnych 15 tys. euro do 15 tys. złotych. Przekroczenie tego limitu skutkuje brakiem możliwości zaliczenia takiego "gotówkowego" wydatku do kosztów uzyskania przychodów. Natomiast nadal będzie możliwe regulowanie zobowiązań, także w kwocie przekraczającej 15 tys. zł w drodze kompensaty, nettingu lub stosowanie transakcji barterowych, albo innych niż płatność form regulowania zobowiązania, bez sankcji w postaci braku możliwości zaliczenia takich wydatków do kosztów uzyskania przychodu.
Wydatki na zakup pakietów medycznych, które następnie udostępniane są pracownikom, mogą stanowić koszty uzyskania przychodów, także w części przypadającej na członków rodzin pracowników, gdyż spełniają przesłanki wynikające z art. 15 ust. 1 ustawy o CIT, a przy tym nie zostały wymienione w katalogu z art. 16 ust. 1 tej ustawy.
Wydatki związane z organizowaniem promocji z wykorzystaniem wynajętego jachtu nie są kosztami reklamowymi, lecz kosztami reprezentacyjnymi, które są wyłączone z kosztów podatkowych. Nie ma znaczenia fakt umieszczenia na jachcie takich atrybutów reklamy, jak: logo, barwy korporacyjne, znaki towarowe i hasła reklamowe zachęcające do zakupu. Organy podatkowe twierdzą, że taki wynajem jachtu ma charakter bardziej reprezentacyjny niż promocyjny.
Obowiązek skorygowania odpisów amortyzacyjnych od wydatków, które zostały sfinansowane dotacją, dotyczy tych sytuacji, gdy te środki pomocowe zostały już faktycznie otrzymane. A zatem, dopiero po otrzymaniu dotacji należy określić, jaka wartość odpisów dotychczas zaliczonych do kosztów powinna być z kosztów wyłączona, zaś następnie o tę kwotę należałoby zmniejszyć koszty bieżące, a nie dokonywać wstecznej korekty kosztów z tytułu odpisów amortyzacyjnych.
Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 29 stycznia 2016 r., (sygn. akt II FSK 3178/13) rozstrzygnął kwestię tego, jak należy interpretować termin ,,wartość zadłużenia”, o którym mowa w art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych (przepisy dot. tzw. cienkiej kapitalizacji). W orzecznictwie sporne jest, czy przez to określenie rozumieć trzeba jedynie wartość pożyczek czy też wszystkich zobowiązań wobec podmiotu powiązanego.
