Komandytariusz (np. z spółka z o.o.) polskiej spółki komandytowej, w której komplementariuszem jest spółka limited z siedzibą na Malcie może zgodnie z prawem płacić w Polsce CIT jedynie od 0,01% swojego dochodu. Reszta, czyli 99,99 proc. trafia do komplementariusza maltańskiego, która może go w całości wypłacić swojemu dyrektorowi zarządzającemu tytułem wynagrodzenia. Wynagrodzenie to jest zwolnione z PIT na mocy polskiej ustawy o PIT i umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania podpisanej z Maltą. Nie stanowi też podstawy do naliczenia składek ubezpieczeniowych.
Polskie organy podatkowej uważają, że zagraniczny podatek VAT należny jest przychodem, a naliczony kosztem. Sądy orzekają odwrotnie, że nie jest przychodem, a kosztem tylko wtedy, gdy się go nie odzyska. Spory o to trwają od kilku lat i dotyczą każdego polskiego przedsiębiorcy, który działa za granicą i wystawia faktury z tamtejszym podatkiem należnym (np. niemieckim, szwedzkim) oraz otrzymuje dokumenty z wykazanym na nich podatkiem naliczonym.
Zdaniem NSA, w kontekście ustalania różnic kursowych na rachunkach walutowych, o „kursie faktycznie zastosowanym” (wg art. 15a ust. 4 ustawy o PDOP) może być mowa wyłącznie w sytuacji, gdy w istocie doszło do przewalutowania, czyli do wyrażenia w danej walucie wartości pieniężnej określonej pierwotnie w innej walucie. Cechy faktycznego zastosowania kursu nie można odnieść do sytuacji, gdy w istocie nie dochodzi do wskazanej operacji w następstwie sprzedaży lub zakupu określonej waluty.
Dokonanie czynności objętej zakresem opodatkowania VAT powoduje konieczność wystawienia faktury. W przypadku natomiast otrzymania zaliczki na poczet wykonania takiej czynności, podatnik jest zobowiązany wystawić fakturą zaliczkową, dokumentującą otrzymaną od kupującego wpłatę. Dodatkowo, gdy została wystawiona więcej niż jedna faktura zaliczkowa dokumentująca otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery poprzednich faktur.
Naczelny Sąd Administracyjny wydał wyrok, w którym uznał, że przepis art. 6 ust. 1 pkt 10a ustawy o CIT miał na celu zapewnienie możliwości skorzystania ze zwolnienia przez instytucje wspólnego inwestowania posiadające siedzibę w innym państwie członkowskim, które są odpowiednikiem polskich funduszy inwestycyjnych, o których mowa w art. 6 ust. 1 pkt 10 ustawy o CIT. Zagraniczne fundusze mają być więc podobne co do istoty, natomiast nie ma wymogu, aby były identyczne co do struktury i organizacji do funduszy powstałych na gruncie polskich przepisów.