Po wejściu w życie Unijnego Kodeksu Celnego, tj. od 1 maja 2016 r., decyzje WIT nadal są ważne na całym obszarze celnym Unii Europejskiej. Decyzje WIT uzyskane przed tą datą zachowają swoją ważność przez okres, na który zostały wydane, tj. przez 6 lat, o ile nie zajdzie przesłanka utraty ważności decyzji WIT. Decyzje WIT wydane po tej dacie będą ważne przez 3 lata, o ile nie zajdzie przesłanka utraty ważności decyzji WIT.
Ministerstwo Finansów zapewnia, że organy podatkowe dokładają szczególnej staranności, aby dokonywać zwrotu podatku VAT dla polskich eksporterów w ustawowych terminach oraz nie są zainteresowane nieuzasadnionym przedłużaniem tych terminów, m.in. dlatego, że w przypadku ustalenia, że kwota zwrotu VAT była zasadna, muszą ją zwrócić wraz z odsetkami.