Nie można pozbawić prawa odliczenia VAT naliczonego podatnika VAT, który mimo zachowania należytej staranności nie wiedział i nie mógł wiedzieć, że w ramach danej transakcji dostawca dopuścił się przestępstwa lub że inna transakcja w łańcuchu dostaw, dokonana przed transakcją przeprowadzoną przez owego podatnika lub po niej, miała miejsce z naruszeniem przepisów o podatku VAT. Problem w tym, że przepisy nie określają standardów owej należytej staranności, a praktyka organów podatkowych jest różna. Ministerstwo Finansów przygotowuje listę działań świadczących o należytej staranności i dobrej wierze podatnika VAT.
Kolejna grupa podatników wysłała już swoje pierwsze JPK_VAT. Należy pamiętać, że każda korekta deklaracji VAT-7/VAT-7K, która jest spowodowana zmianami w ewidencji, powoduje, iż podatnik jest zobowiązany do przesłania ponownie JPK_VAT. Dotyczy to oczywiście okresu, kiedy istniał już obowiązek przesyłania JPK_VAT.
Przed kilkoma miesiącami, kiedy resort finansów bezzasadnie chwalił się „wzrostem dochodów z VAT”, media powtarzały wypowiedź jednego z polityków, że ów „sukces” osiągnięto dzięki JPK, czyli elektronicznej informacji przekazywanej przez kilka tysięcy podatników, w której podają to, co mają w swojej ewidencji.
Relatywnie krótka praktyka stosowania JPK zdążyła wzbudzić szereg wątpliwości, które spędzają sen z powiek podatnikom. Narzędzie mające w założeniu usprawnić i przyśpieszyć pracę organów podatkowych, a co się z tym wiąże ułatwić życie kontrolowanym, zdaje się być wysoko problematyczne. Pomimo bowiem odpowiedzi, które zostały zamieszczone na stronie resortu finansów, wciąż pozostają pewne niedopowiedzenia, wskazując na niekompletność regulacji w tym względzie (brak dalekowzroczności ustawodawcy).