W dobie zaostrzonej walki z przestępstwami skarbowymi, uczestnikiem karuzeli podatkowej może zostać nawet podatnik uczestniczący w łańcuchu dostaw, np. właściciel magazynu, który wynajął pomieszczenie. Z tego względu bardzo istotne jest dokładne zweryfikowanie kontrahenta, w celu zabezpieczenia przedsiębiorstwa przed ryzykiem wynikającym z tego tytułu, w tym odpowiedzialnością karno skarbową.
Narzędzia jakimi dysponują organy podatkowe powodują, że kontrole są coraz skuteczniejsze i mają coraz większy wymiar finansowy. Na przestrzeni ostatnich lat jest mniej kontroli przedsiębiorców, ale w ich wyniku znacznie zwiększyła się kwota stwierdzonych uszczupleń podatkowych. W praktyce oznacza to, że kontroli jest mniej, ale celniej trafiają w podmioty, które naruszają przepisy podatkowe. To z kolei przekłada się zwiększenie ustaleń podatkowych oraz lepszą efektywność kontroli (stosunek zaangażowanych środków na przeprowadzenie kontroli do kwoty stwierdzonych uszczupleń podatkowych).
Zgodnie z przepisami ordynacji podatkowej bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania. Przy czym, żeby wszczęcie postępowania wywołało wskazany skutek, warunkiem koniecznym jest zawiadomienie o tym fakcie podatnika przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania.
Organy podatkowe, w ramach postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej, chcąc sprawdzić autentyczność transakcji podatnika przeprowadzają tzw. kontrolę krzyżową (czynności sprawdzające). Kontrola tego rodzaju do niedawna mogła być przeprowadzona jedynie u bezpośredniego kontrahenta podatnika, tj. u sprzedawcy, od którego podatnik kupił towar lub usługę albo u nabywcy, któremu podatnik sprzedał towar lub usługę.