Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Zgodnie art. 15 ust. 2 - 2a ustawy CIT, zasady proporcjonalnej alokacji kosztów uzyskania przychodów nie będą miały zastosowania do przychodów uzyskanych z dywidend od spółek zależnych. Przepisy art. 15 ust. 2 - 2a ustawy CIT mają zastosowanie w sytuacji, gdy podstawą opodatkowania jest dochód, natomiast w myśl art. 22 ustawy CIT podstawą opodatkowania podatkiem dochodowym w przypadku dywidend jest przychód. Oznacza to, że przychody z tytułu dywidend otrzymanych od spółek zależnych nie powinny być ujęte ani wśród „przychodów ze źródeł, z których dochody podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym” lub „przychodów ze źródeł, z których dochody nie podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym lub są zwolnione z podatku dochodowego” (w liczniku proporcji), ani w „ogólnej kwocie przychodów” (w mianowniku proporcji).
Urzędy skarbowe z reguły nie kwestionują zaliczanie do kosztów uzyskania przychodów wydatków na leasing klimatyzatora montowanego w siedzibie firmy, czy pomieszczeniach, gdzie jest wykonywana działalność gospodarcza. Jednak w sytuacji, gdy siedzibą podatnika lub pomieszczeniami, gdzie jest wykonywana działalność jest mieszkanie, czy dom podatnika mogą pojawić się wątpliwości. Nie można bowiem zaliczyć do kosztów podatkowych wydatków poniesionych w celach osobistych.
W życiu podmiotów gospodarczych, takich jak np. spółki z ograniczoną odpowiedzialnością, następują takie momenty, w których wspólnicy decydują o rozwoju i powiększeniu przedsiębiorstwa. Jednym ze sposobów, jest przyjęcie do spółki nowego wspólnika. W niektórych sytuacjach może to wynikać z chęci pozyskania nowego specjalisty, w innych - nowego kapitału (dofinansowania) podmiotu. Różne formy oraz cel działań, uzasadnia różne formy działania obecnych zarządzających spółką. Warto jednak pamiętać, że tego typu operacje mogą rodzić określone skutki podatkowe.
Opłata administracyjna, która nie ma przypisanego okresu obowiązywania, może być zaliczana jednorazowo do kosztów uzyskania przychodów, a prowizja, jeśli dotyczy okresu przekraczającego rok podatkowy, może być rozliczana proporcjonalnie do długości okresu, którego dotyczy umowa gwarancyjna.
Dokonanie wyboru optymalnej formy otrzymywania wynagrodzenia przez wspólnika spółki z o.o. powinno być poprzedzony gruntowną analizą. W szczególności należy brać pod uwagę relacje pomiędzy wspólnikiem a spółką, m.in. to, czy wspólnik zamierza na rzecz spółki świadczyć usługi lub dostarczać rzeczy, czy chce być objęty systemem ubezpieczeń społecznych, a także czy wspólnikowi bardziej zależy na stałości własnych dochodów, czy na rozwoju spółki.