W Ordynacji podatkowej przyjęto zasadę równej mocy środków dowodowych. Oznacza to, że taką samą moc dowodową ma zeznanie świadka, wyjaśnienie na piśmie, opinia biegłego, oryginał dowodu księgowego czy poświadczona „za zgodność z oryginałem” kserokopia. Nie ma więc żadnych przesłanek ku temu, by dowód z zeznań świadków traktować gorzej niż dowód w postaci ich oświadczenia złożonego na piśmie.
Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Przepisy unijne nie stoją na przeszkodzie, w kontekście zasady skuteczności ścigania w sprawach przestępstw z dziedziny podatku VAT, stosowaniu przez sąd krajowy przepisu krajowego stanowiącego, że należy odrzucić w postępowaniu podatkowym dowody, takie jak nagrania z podsłuchów telefonicznych, wymagające uprzedniej zgody sądu - tak orzekł Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
W projekcie nowej Ordynacji podatkowej, która ma wejść w życie w 2020 r., zaprezentowano sporo zmian dotyczących procedury podatkowej. Wiele propozycji, zdaniem przedsiębiorców z BCC, można ocenić pozytywnie i powinny przyczynić się do szybszego załatwiania spraw w postępowaniach podatkowych i uprościć niektóre niejasne kwestie. Wprowadzono jednak również nowe instytucje, które mogą rodzić wątpliwości i okazać się nieskutecznym rozwiązaniem.