W projekcie nowej Ordynacji podatkowej, która ma wejść w życie w 2020 r., zaprezentowano sporo zmian dotyczących procedury podatkowej. Wiele propozycji, zdaniem przedsiębiorców z BCC, można ocenić pozytywnie i powinny przyczynić się do szybszego załatwiania spraw w postępowaniach podatkowych i uprościć niektóre niejasne kwestie. Wprowadzono jednak również nowe instytucje, które mogą rodzić wątpliwości i okazać się nieskutecznym rozwiązaniem.
Zarówno w doktrynie, jak i orzeczeniach sądów wskazuje się na możliwość skorygowania błędów związanych z wystawieniem tzw. pustej faktury, pomimo że na gruncie przepisów ustawy o VAT ustawodawca nie przewidział tego wprost. Powstaje jednak pytanie, czy podmiot, który świadomie wystawił puste faktury, ma możliwość korekty przedmiotowych dokumentów.
Wierzytelność będąca nadpłatą podatku, powstałą na gruncie przepisów Ordynacji podatkowej, może zostać zajęta w postępowaniu egzekucyjnym prowadzonym przez komornika sądowego lub administracyjny organ egzekucyjny. Jednak w pierwszej kolejności nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych. Dlatego organ podatkowy przed przekazaniem nadpłaty na realizację zajęcia wierzytelności zobowiązany jest do dokonania analizy, czy na podatniku ciążą zaległości i wymagalne zobowiązania podatkowe.