Relatywnie krótka praktyka stosowania JPK zdążyła wzbudzić szereg wątpliwości, które spędzają sen z powiek podatnikom. Narzędzie mające w założeniu usprawnić i przyśpieszyć pracę organów podatkowych, a co się z tym wiąże ułatwić życie kontrolowanym, zdaje się być wysoko problematyczne. Pomimo bowiem odpowiedzi, które zostały zamieszczone na stronie resortu finansów, wciąż pozostają pewne niedopowiedzenia, wskazując na niekompletność regulacji w tym względzie (brak dalekowzroczności ustawodawcy).
Od rozliczenia za styczeń 2017 r. podatnicy VAT czynni, którzy prowadzą ewidencje VAT w formie elektronicznej, będą mieli obowiązek ich przesyłania w formacie JPK_VAT (art. 82 § 1b Ordynacji podatkowej). Obowiązek ten będzie dotyczył podatników, którzy posiadają status małego lub średniego przedsiębiorcy. Dotyczy to również podatników, którzy nie są przedsiębiorcami, np. JST. Status ten ustalamy na podstawie ustawy o swobodzie działalności gospodarczej.
Tajemnicę zawodową najczęściej definiuje się jako obowiązek nieujawniania informacji pozyskanych w związku z wykonywanym zawodem zaufania publicznego. Do zawodów tych należą przede wszystkim lekarze, pielęgniarki, adwokaci, radcowie prawni, czy doradcy podatkowi. Przedstawiciele tych zawodów zobowiązani są do zachowania w tajemnicy informacji poufnych pod sankcją odpowiedzialności dyscyplinarnej, cywilnej, a nawet karnej.
Jak podają media cytując urzędników resortu finansów, pod koniec sierpnia 2016 r. wpłynęło ponad 6 tys. elektronicznych informacji na temat ewidencji prowadzonej dla potrzeb VAT. Wszystkie podmioty sektora publicznego oraz szkoły wyższe i jednostki badawcze, które, zgodnie z interpretacją tegoż resortu, też są jakoby dużymi podatnikami (choć są na ten temat inne poglądy prawne), zwolniono z tego obowiązku, bo nie były w stanie mu podołać: nie miały pieniędzy aby dać zarobić firmom informatycznym. Ponoć jest ich około 3 tysięcy, czyli jedna trzecia ogółu. Nikt nie może zrozumieć panującego tu bałaganu, który przy pomocy wątpliwych poglądów narzuca podatnikom obowiązki, a potem z nich zwalnia.
Od 1 lipca 2016 r. obowiązek przekazywania dokumentów w formacie JPK, zarówno w przypadku kontroli, jak i w zakresie ewidencji VAT, dotyczy dużych firm. Mikro, mali i średni przedsiębiorcy, w rozumieniu ustawy o swobodzie działalności gospodarczej, w okresie od dnia 1 lipca 2016 r. do dnia 30 czerwca 2018 r. dane w formacie JPK przy kontroli będą przekazywać fakultatywnie, a od lipca 2018 r. - obowiązkowo.Od 1 stycznia 2017 r. dane z ewidencji VAT w strukturze JPK przesyłać muszą i mali i średni przedsiębiorcy. Mikroprzedsiębiorcy objęci zostaną tym obowiązkiem od początku 2018 roku.
Wiemy, że pierwszy termin przekazania ministrowi finansów elektronicznej informacji zawierającej ewidencję prowadzoną na podstawie art. 109 ust. 3 ustawy o podatku od towarów i usług, skończył się totalnym blamażem resortu, który w ostatniej chwili musiał faktycznie zwolnić z tego obowiązku cały sektor publiczny. Pozostali „duzi” podatnicy, którzy są objęci tym obowiązkiem, albo nie podołali temu zadaniu, albo wykonali je wadliwie. Część podatników składa „czynny żal” z tego tytułu zastanawiając się tylko, komu ma go złożyć: naczelnikowi urzędu skarbowego czy ministrowi finansów. Dlaczego tak się dzieje?
Do 25 sierpnia 2016 roku przedsiębiorstwa, które zatrudniają przynajmniej 250 osób lub też spełniają kryteria wartościowe dla dużych firm muszą przesłać obligatoryjnie do urzędów skarbowych Jednolity Plik Kontrolny zawierający ewidencję sprzedaży i zakupu VAT. Dodatkowo firmy muszą być przygotowane na przedstawienie struktur obejmujących księgi rachunkowe, magazyny, faktury VAT, podatkową księgę przychodów i rozchodów oraz ewidencję ryczałtową na żądanie organów podatkowych. Obowiązek sporządzania struktur JPK „Wyciąg bankowy", chociaż teoretycznie wciąż spoczywa na podatniku, w praktyce został już przerzucony na banki.
