W przypadku planowanego podziału spółki kapitałowej dokonywanego przez przeniesienie części przedsiębiorstwa stanowiącej zorganizowany zespół składników majątkowych, materialnych i niematerialnych oraz zobowiązań – zorganizowaną część przedsiębiorstwa (ZCP) w trybie art. 529 § 1 k.s.h., ważnym zagadnieniem wpływającym na prawidłowość przebiegu podziału będzie określenie miejsca rozliczenia sprzedaży opodatkowanej – podatku należnego, realizowanej przez spółkę dzieloną w trakcie dokonywania podziału. Duże znaczenie posiada to, czy podatek należny od danej sprzedaży realizowanej przez ZCP rozliczany jest jeszcze przez spółkę dzieloną, czy też przez spółkę przejmującą.
Transakcja polegająca na połączeniu spółek, w ramach której dochodzi do przejęcia jednej z nich, nie stanowi ani odpłatnej dostawy towarów, ani odpłatnego świadczenia usług. W związku z tym, na żadnej ze stron nie będzie ciążyć obowiązek zapłaty podatku od towarów i usług. Powyższe nie oznacza jednak, że strony takiej transakcji są wolne od jakichkolwiek obowiązków wynikających z przepisów ustawy o VAT.
Sprawdzone przez Najwyższą Izbę Kontroli na przełomie 2014 i 2015 roku urzędy kontroli skarbowej oraz urzędy skarbowe nie przeprowadziły wystarczających działań, które skutecznie zapobiegłyby uchylaniu się od opodatkowania przez podmioty z udziałem kapitału zagranicznego, poprzez transferowanie dochodów poza polski system podatkowy. NIK zwraca uwagę, że w polskim systemie podatkowym wciąż nie ma klauzuli generalnej przeciwko unikaniu opodatkowania. Kontrolerzy odnotowali jednak, że klauzula ma znaleźć się w projekcie nowej ordynacji podatkowej, którą przygotowuje Komisja Kodyfikacyjna Ogólnego Prawa Podatkowego.
Pojęcie konsolidacji najczęściej kojarzy się z aspektem zarządzania finansami w strukturze wielofirmowej, często grupach kapitałowych. Dotyczy zatem zagadnienia, którego właścicielem są działy finansowe. W zakresie ich obowiązków w strukturach wielofirmowych jest m.in. uzyskanie zgodności z wymaganiami Międzynarodowych Standardów Sprawozdawczości Finansowej (MSSF/MSR) oraz Międzynarodowych Standardów Raportowania Finansowego (IFSR), tj. poradzenie sobie m.in. z eliminacją danych dotyczących rozliczeń wzajemnych oraz wynikających z różnic kursowych, z konwersją i/lub przenoszeniem danych, zmianami walut, elastycznym wprowadzaniem korekt, prezentacją raportów i konsolidacji w różnych standardach księgowości, walutach czy formatach danych, automatyczną zmianą różnych postaci danych w zależności o stopnia powiązania w grupie kapitałowej czy strukturze wielofirmowej.
Obowiązujące od 1 stycznia 2015 r. regulacje CFC (art. 30f ustawy o PIT oraz art. 24a ustawy o CIT) mogą wbrew intencji ustawodawcy objąć znacznie mniejszy krąg podmiotów niż wynikałoby to z samego brzmienia ww. przepisów. Założeniem ustawodawcy było m.in. opodatkowanie 19% podatkiem dochodowym dochodów kontrolowanych przez polskiego podatnika spółek zagranicznych, położonych w państwach, w których poziom opodatkowania podatkiem dochodowym jest niższy niż 14,25%, przy założeniu, że ponad 50% przychodów tych spółek ma pasywny charakter. W oczywisty sposób regulacja ta wymierzona jest przede wszystkim w spółki cypryjskie, szeroko wykorzystywane do optymalizacji opodatkowania zysków z papierów wartościowych sensu largo. Niejako "przy okazji" ww. regulacje znajdą zastosowanie do spółek z innych państw UE (np. Irlandia, Bułgaria), które wbrew postanowieniom prawa wspólnotowego będą podlegać dyskryminacji podatkowej.
W wyroku z dnia 5 marca 2014 r. (sygn. akt II FSK 481/12) Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że przepis art. 12 ust. 1 pkt 7 ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, odsyłając do odpowiedniego stosowania art. 14 ust. 1-3 ww. ustawy, upoważnia organy podatkowe do weryfikacji wartości udziałów/akcji, określonej w umowie lub w statucie spółki, w sytuacji, gdy wartość nominalna obejmowanych udziałów, tj. wartość przedmiotu aportu określona w „cenie” jego zbycia, w sposób znaczny odbiega od wartości rynkowej przedmiotu wkładu i jednocześnie nie znajduje to uzasadnionych przyczyn w rozumieniu art. 14 ust. 1 ww. ustawy.
