Jedną z fundamentalnych zasad podatku od towarów i usług, jest możliwość odliczenia podatku naliczonego. Dzięki takiemu rozwiązaniu, podatek może być neutralny dla przedsiębiorcy. Co do zasady - prawo do odliczenia nie powinno być ograniczane, ponieważ stanowi podstawową zasadę systemu podatku VAT, co wielokrotnie podkreślał Trybunał Sprawiedliwości (np. wyroku z 8.01.2002 r., C-409/99, Metropol Treuhand WirtschaftsstreuhandgmbH przeciwko Finanzlandesdirektion für Steiermark and Michael Stadler v Finanzlandesdirektion für Vorarlberg, EU:C:2002:2). Zdarzają się jednak sytuacje, gdzie błędy w fakturze mogą spowodować ograniczenie tego prawa – w szczególności, jeżeli taka zostanie uznana za nierzetelną.
Stwierdzenie nabycia przez podatnika pustych faktur w celu uzyskania korzyści podatkowych upoważnia organy do odmówienia mu prawa do odliczenia VAT. Nie oznacza jednak, że na tej podstawie mogą żądać od niego zapłaty VAT z faktur, które on wystawił. Jak orzekł Wojewódzki Sąd Administracyjny w Łodzi, to, iż przedsiębiorca kupował puste faktury, nie oznacza, że sam takie wystawiał. Organy muszą to udowodnić.
Organ podatkowy uznał, że firma brała udział w karuzeli VAT i zakwestionował wiele działań przedsiębiorcy. Pośród zarzutów mających uzasadnić odmowę prawa do odliczenia VAT znalazł się również taki, że nie dochował on należytej staranności przy przeprowadzaniu transakcji, bo nie poddał swojego dostawcy weryfikacji, uznając go za wiarygodnego na podstawie wieloletniej współpracy. Jak podsumował to Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu: „Stwierdzenie takie jest oczywiście sprzeczne z logiką, doświadczeniem życiowym i realiami funkcjonowania obrotu gospodarczego” (wyrok z 17 marca 2020 r., sygn. akt I SA/Wr 768/19).
W świetle art. 86 ust. 10 ustawy o VAT, prawo do odliczenia podatku naliczonego z otrzymanej faktury powstaje zasadniczo w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytych towarów i usług powstał obowiązek podatkowy (z reguły: dzień wykonania usługi lub dokonania dostawy). Przy czym, jak wynika z art. 86 ust. 10b pkt 1 ustawy o VAT, uprawnienie to nie zaistnieje wcześniej niż, gdy podatnik otrzymał fakturę.
Zdaniem sądu administracyjnego nie powinno się odmawiać podatnikowi prawa do odliczenia VAT nie tylko wtedy, gdy nieprawidłowości dotyczą wcześniejszej lub późniejszej transakcji, ale nawet wtedy, gdy dotyczą one bezpośrednio transakcji zakupu zawartej przez tego podatnika, czyli tej transakcji, której dotyczy podatek naliczony do odliczenia, pod warunkiem jednak, że na podstawie obiektywnych przesłanek nie da się stwierdzić, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że zawierana przez niego transakcja zakupu wiązała się z przestępstwem popełnionym przez wystawcę faktury.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej uznał, że art. 90 dyrektywy 2006/112 w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej należy interpretować w ten sposób, że stoi on na przeszkodzie przepisom krajowym, które przewidują, iż podatnik nie może dokonać omawianej korekty, jeżeli dłużnik nie jest już podatnikiem VAT. TSUE podkreślił, że skoro dłużnik utracił status podatnika VAT, to tym bardziej przemawia to za możliwością dokonania korekty.
