Polski podatnik, który jest zobowiązany do rozliczenia WNT, zazwyczaj wykazuje podatek należny w rozliczeniu za okres, w którym została wystawiona faktura. W rozliczeniu za ten sam okres może odliczyć VAT naliczony, gdy zakupy są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Problem pojawia się, gdy otrzymuje fakturę od zagranicznego kontrahenta z opóźnieniem. Po zmianach od 2017 r. takie opóźnienie w pewnych przypadkach będzie niosło ze sobą również konsekwencje finansowe.
W praktyce gospodarczej uzyskanie opieczętowanego i opatrzonego podpisami zarówno przewoźnika, jak i nabywcy listu przewozowego, potwierdzającego dostawę towaru do nabywcy, jest w wielu przypadkach znacznie utrudnione. Minister Finansów w wydanej interpretacji potwierdził, że dopuszczalne są również inne sposoby i formy dokumentowania dostawy, w tym m.in. dokumentowanie dostawy oświadczeniem odbiorcy towaru i w formie skanu przesyłanym mailem do dostawcy towaru.
Zdarza się, że podatnik dokonujący sprzedaży towarów na terytorium Polski, posiada również oddział w innym kraju Unii Europejskiej. W toku wykonywanej działalności przemieszcza towary pomiędzy centralą a oddziałem. W takim wypadku powstaje pytanie, w jaki sposób należy, na gruncie podatku od towarów i usług, rozpoznać tego typu przemieszczenie. Nie jest to bowiem „zwykła” wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów (zwana dalej także WDT). Podatnik dokonuje wywozu towarów z terytorium kraju (Polski), niemniej jednak wywóz ten nie następuje w ramach dostawy towarów na rzecz podatnika podatku od wartości dodanej. Jest to jedynie przemieszczenie towarów należących do przedsiębiorstwa podatnika.
Świadczymy usługi na rzecz krajowych podmiotów, polegające na usługowej odprawie wyrobów akcyzowych, gdyż nasza spółka jako zarejestrowany odbiorca może dokonywać nabycia wewnątrzwspólnotowego wyrobów akcyzowych na rzecz innych podmiotów. Oprócz wynagrodzenia za nasze usługi (opodatkowanego VAT) kontrahent jednocześnie będzie nam zwracał koszt poniesionego przez nas we własnym imieniu, ale na jego rzecz, podatku akcyzowego oraz opłaty paliwowej. Do rozliczanych kwot nie będziemy doliczać jakiejkolwiek marży. Czy możemy wyłączyć z naszej podstawy opodatkowania VAT koszty ponoszone na rzecz kontrahentów, tj. koszty opłaty paliwowej i akcyzy?
Kilka razy w miesiącu dokonujemy przesunięć naszych towarów do magazynu położonego w Niemczech. Przesunięcia te poświadczamy dokumentami wewnętrznymi, które zasadniczo zawierają te same dane, które zwykle znajdują się na fakturze, jednak nie oznaczamy ich jako „faktura", lecz jako „MM". Czy powinniśmy mimo to uznać, że wystawiony dokument przesunięć międzymagazynowych jest jednak fakturą i stosownie do tego rozpoznać obowiązek podatkowy dla tej czynności?
Podatnik VAT, który sprowadza samochód z innego kraju UE, jest obowiązany spełnić dodatkowe warunki, inaczej niż w przypadku zakupu pozostałych towarów. Warunki te zostały od 1 stycznia 2015 r. ograniczone, ale nie zniesiono ich całkowicie. Sposób rozliczenia VAT od wewnątrzwspólnotowego nabycia samochodów zależy od tego, czy nabycie samochodu można zakwalifikować jako WNT.
Związek Przedsiębiorców i Pracodawców przygotował bardzo ciekawy raport „Mechanizmy karuzelowe. Schemat działania oszustów, skutki dla Skarbu Państwa, indolencja państwa polskiego”. Wynika z niego m.in. że to nie przedsiębiorcy, a przestępcy zajmują się karuzelami podatkowymi. Jednak uczciwe firmy stają się niejednokrotnie ofiarami tych oszustw, nieświadomie uczestnicząc w takich "karuzelach". Polskie i europejskie prawo – przede wszystkim – zerowa stawka VAT sprawia, że dla przestępców stało się to lepszym i bezpieczniejszym interesem niż napady na banki czy handel narkotykami. Luka podatkowa w zakresie podatku VAT w Polsce może wynosić nawet od 5 do 65 miliardów złotych, a mechanizmy karuzelowe z roku na rok stają się coraz bardziej popularne.