W przypadku, gdy nabywca otrzyma fakturę zawierającą błędy w elementach nazwy sprzedawcy lub nabywcy albo oznaczenia towaru lub usługi, może je skorygować notą korygującą. Należy jednak podkreślić, że wystawienie noty korygującej nie może prowadzić do zmiany podmiotu umowy sprzedaży. W przypadku, gdy błędne są wszystkie dane nabywcy wskazane na fakturze, nie jest dopuszczalne jej korygowanie w drodze noty korygującej. Jedynym sposobem naprawienia tego typu błędu jest wystawienie faktury korygującej przez sprzedawcę.
Zdaniem profesora Witolda Modzelewskiego centralny rejestr faktur niczego dobrego nie przyniesie, a stworzy wiele nowych zagrożeń. Przy pomocy centralnego rejestru faktur będzie np. można zniszczyć każdego przeciwnika. Jak? Bardzo prosto: rejestruje się zupełnie legalną firmę o tej samej nazwie co konkurent, która następnie wystawia tysiące fałszywych faktur i wprowadza je do rejestru (legalnie). Zanim pokrzywdzony wyjaśni, że nie jest wielbłądem, może nie przetrwać najazdu policji i służb skarbowych. Według profesora Modzelewskiego nie mając wiarygodnego wykazu podatników, nie można tworzyć rejestru faktur, bo mnożyć to będzie kolejne fikcje.
Przepisy nie precyzują, w jaki sposób powinien być potwierdzany odbiór faktury korygującej, ani też nie określają formy takiego potwierdzenia. Każda metoda potwierdzenia jest więc dopuszczalna. Przepisy nakazują potwierdzanie tylko takich faktur korygujących, które skutkują obniżeniem podstawy opodatkowania oraz kwoty podatku VAT. Treść potwierdzenia otrzymania faktury korygującej powinna wskazywać, że faktura korygująca, której potwierdzenie dotyczy, dotarła do nabywcy, a ponadto powinno ono zawierać datę otrzymania przez nabywcę faktury korygującej oraz datę wpływu tego potwierdzenia do wystawcy faktury.
Jesteśmy spółką cywilną. Rejestrując spółkę jako czynnego podatnika VAT wybraliśmy metodę kasową rozliczania tego podatku. Jednak nie poinformowaliśmy o tym naszych kontrahentów, nie zamieszczając na fakturach oznaczenia „metoda kasowa", ani też nie powiadamiając ich o tym w jakikolwiek inny sposób. W konsekwencji odliczali oni VAT z naszych faktur w niewłaściwych okresach rozliczeniowych (w miesiącu otrzymania faktury, a nie jak powinni - w miesiącu zapłaty należności). Natomiast my odprowadzaliśmy VAT należny zgodnie z wybraną metodą, tj. w rozliczeniu za okres, w którym otrzymaliśmy od nich zapłatę za faktury. Czy jesteśmy zobowiązani skorygować nasze faktury, chociaż podatek VAT wykazany na tych fakturach rozliczyliśmy prawidłowo?