Od chwili podjęcia przez NSA w dniu 24 czerwca 2014 r. uchwały, w której arbitralnie stwierdzono, że jednostki budżetowe nie są (jakoby) podatnikami tego podatku, trwa i pogłębia się chaos w tym zakresie. Należy przypomnieć, że w ustnym uzasadnieniu do tej uchwały stwierdzono, że wszystkie jednostki budżetowe nie są podatnikami, bo (jakoby) nie prowadzą „samodzielne” działalności gospodarczej, o czym świadczy – zdaniem sądu – fakt, że nie dysponują swoim dochodem. W uzasadnieniu jednak stwierdzono, że tylko gminne jednostki budżetowe nie są podatnikami, choć państwowe już są, mimo że również „nie dysponują swoim dochodem”, bo w sensie prawnofinansowym niczym się nie różnią.
Organy podatkowe nie powinny wydawać decyzji odmawiającej odliczenia VAT jedynie wykazując, że dostawca podatnika był podmiotem nieistniejącym. Konieczne jest wykazanie, że podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, iż dostawa wiązała się z przestępstwem w zakresie podatku. Organy podatkowe nie mogą jednakże w sposób generalny wymagać od podatnika sprawdzania, czy jego dostawca dysponuje towarami i jest w stanie je dostarczyć. Nie można również wymagać od podatnika weryfikowania, czy jego dostawca wywiązuje się z obowiązku składania deklaracji i zapłaty podatku VAT.
Otrzymanie zaliczki na poczet dostawy towarów lub świadczenia usług powoduje powstanie obowiązku podatkowego w VAT. Jest to podstawowa zasada, od której istnieją nieliczne wyjątki. Pobraną sumę traktuje się wówczas jako kwotę brutto, zawierającą VAT. Natomiast wartość podatku oblicza się według stawki obowiązującej dla danego towaru lub usługi. Problem pojawia się jednak w sytuacjach, gdy dostawa lub świadczenie, na poczet których dokonano wpłaty zaliczki, są opodatkowane różnymi stawkami VAT.
Z perspektywy interesów Skarbu Państwa, za najbardziej szkodliwy rodzaj oszustw podatkowych uznać należy wyłudzenia zwrotów podatku od towarów i usług. O ile bowiem np. zatajenie przed fiskusem osiągniętego w danym okresie rozliczeniowym dochodu wiąże się jedynie z uszczupleniem dochodów budżetowych państwa, podkreślić należy, iż wyłudzenie podatku VAT dodatkowo te dochody zmniejsza. Nie dość bowiem, że oszust podatkowy nie uiszcza należnej daniny, to jeszcze uzyskuje od Skarbu Państwa środki, które mu się faktycznie nie należą. Korzyści związane z tego typu działalnością przestępczą znajdują więc swoje źródła w budżecie państwa, a każda kwota wyłudzona przez oszustów wiąże się ze zmniejszeniem środków przekazywanych przez państwo na inne, społecznie istotne cele. Na oszustach vatowskich tracimy więc wszyscy.
Minister Finansów po wyroku TSUE rozstrzygającym, że to gminy a nie ich jednostki budżetowe są podatnikami VAT, deklaruje, że dostosowanie rozliczeń VAT gmin do tezy wyroku nastąpi „w przód". Samorządy mogą jednak, zgodnie z wyrokiem TSUE, podjąć decyzję o dokonaniu korekt rozliczeń (uwzględniając model „scentralizowany" - czyli, że to gmina rozlicza VAT jako podatnik) nieobjętych przedawnieniem. Ministerstwo wyjaśnia jednocześnie, że aby zachować zasadę neutralności VAT – korekty muszą zostać sporządzone w odniesieniu do całego poprzedniego 5 letniego okresu nieobjętego przedawnieniem. Nie będzie możliwe sporządzanie korekt wybiórczych, tj. tylko za wybrane przez samorządy okresy rozliczeniowe.
