Właściwa ocena czy podatek VAT jest kosztem kwalifikowanym (czyli takim, który może być zrefundowany w ramach dofinansowania) może być trudna, a po jej dokonaniu może okazać się, że z przyczyn niezależnych od beneficjenta jego kwalifikacja ulega zmianie. Problem ten dotyczy przede wszystkim jednostek samorządu terytorialnego, ale także innych podmiotów takich jak jednostki naukowe, organizacje pożytku publicznego czy przedsiębiorców, którzy korzystali z funduszy unijnych i krajowych, a którzy zmienili lub chcą zmienić rodzaj prowadzonej działalności na opodatkowaną VAT, tj. decydują się na komercyjne wykorzystanie powstałej z dotacji infrastruktury.
Za moment dokonania dostawy kompleksu należy uznać moment dostarczenia ostatniego elementu składającego się na całość kompleksu. W przypadku dostawy kompleksu na terenie Polski obowiązek podatkowy powstanie z chwilą dostarczenia ostatniego elementu składającego się na całość kompleksu, a w przypadku gdy przed tym dniem spółka otrzyma całość lub część zapłaty, obowiązek podatkowy powstanie z chwilą otrzymania takiej zapłaty w odniesieniu do otrzymanej kwoty. Natomiast przypadku wewnątrzwspólnotowej dostawy kompleksu, obowiązek podatkowy powstanie z chwilą wystawienia przez spółkę ostatecznej faktury dokumentującej dostawę kompleksu, nie później niż 15 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dostarczony zostanie ostatni element składający się na całość kompleksu.
Podstawowym kryterium decydującym o podobieństwie towarów (usług) jest ich charakter. Oceny podobieństwa produktów należy dokonywać z perspektywy konsumenta. Cechami, które należy uwzględnić przy tej ocenie, są skład, smak, funkcja towarów oraz ewentualnie inne właściwości, które mogłyby mieć wpływ na decyzję konsumenta co do wyboru danego towaru. Biorąc pod uwagę te kryteria, stawka VAT na soki i napoje może być zróżnicowana.
Zarówno podatnicy, jak i przedstawiciele fiskusa zgadzają się co do jednego: prawo podatkowe nie może demoralizować. Z takim skutkiem mamy do czynienia wówczas, gdy niektórzy podatnicy działający w granicach prawa osiągają szczególne korzyści podatkowe, w których nie powinni partycypować. Przeciwdziałanie takim praktykom jest konieczne. Jednak wprowadzanie do systemu podatkowego nowych rozwiązań, które nie są wystarczająco skonkretyzowane, nie będzie skuteczne. Może doprowadzić do tego, że podatnicy faktycznie nadużywający prawa dalej będą to robili, może mniej jawnie, może z nieco większymi kosztami i ryzykiem, ale jednak. Rykoszetem za to dostaną uczciwi przedsiębiorcy. Taki skutek może mieć wprowadzona właśnie do ustawy o VAT klauzula nadużycia prawa.