Przy umorzeniu lub zbyciu udziałów objętych na skutek wniesienia aportu, kosztem właściciela takich udziałów jest - co do zasady - ich wartość nominalna. Zasada ta nie dotyczy przypadków, w których aport ten miał formę, neutralnej podatkowo, transakcji wymiany udziałów. W takiej sytuacji, koszty właściciela umarzanych lub zbywanych udziałów są równe rzeczywistym kosztom historycznym, jakie poniósł na ich nabycie (a ściślej rzecz biorąc: na nabycie udziałów, jakie w ramach transakcji wymiany, były wnoszone drogą aportu).
Do wydatków, które kwalifikują się do objęcia pomocą publiczną, przedsiębiorca może zaliczyć wydatki na wartości niematerialne i prawne związane z transferem technologii przez nabycie praw patentowych, licencji, know-how lub nieopatentowanej wiedzy technicznej. Posłużono się nowym terminem „wartości niematerialne i prawne związane z transferem technologii”, który nie został zdefiniowany przez ustawodawcę.