Polski podatnik, który jest zobowiązany do rozliczenia WNT, zazwyczaj wykazuje podatek należny w rozliczeniu za okres, w którym została wystawiona faktura. W rozliczeniu za ten sam okres może odliczyć VAT naliczony, gdy zakupy są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Problem pojawia się, gdy otrzymuje fakturę od zagranicznego kontrahenta z opóźnieniem. Po zmianach od 2017 r. takie opóźnienie w pewnych przypadkach będzie niosło ze sobą również konsekwencje finansowe.
Z przedstawionego dokumentu Komisji Europejskiej dotyczącego podatku VAT wynika, że obecny schemat rozliczania transakcji wspólnotowych ma być zastąpiony takim, w którym transakcje transgraniczne traktowane będą tak, jak transakcje krajowe. Wprowadzenie zmian może ograniczyć skalę nadużyć, m.in. poprzez zmniejszenie liczby podmiotów, które otrzymają zwrot podatku VAT dzięki stosowaniu stawki 0 proc.
Zdarza się, że podatnik dokonujący sprzedaży towarów na terytorium Polski, posiada również oddział w innym kraju Unii Europejskiej. W toku wykonywanej działalności przemieszcza towary pomiędzy centralą a oddziałem. W takim wypadku powstaje pytanie, w jaki sposób należy, na gruncie podatku od towarów i usług, rozpoznać tego typu przemieszczenie. Nie jest to bowiem „zwykła” wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów (zwana dalej także WDT). Podatnik dokonuje wywozu towarów z terytorium kraju (Polski), niemniej jednak wywóz ten nie następuje w ramach dostawy towarów na rzecz podatnika podatku od wartości dodanej. Jest to jedynie przemieszczenie towarów należących do przedsiębiorstwa podatnika.
Spółka dokonuje sprzedaży nasion na terenie kraju. Sprzedaż jest opodatkowana stawką 5%. Z uwagi na fakt, iż nasiona znajdują się w magazynie centralnym w Warszawie, a zamówienia klientów dotyczą całego kraju, praktycznie całość zamówień jest wysyłana do klientów firmą kurierską. Firma kurierska obciąża nas kosztami przesyłek opodatkowanych stawką 23%, natomiast my do kosztów transportu stosujemy stawkę 5%, ale wykazujemy tę pozycję odrębnie na fakturze. Czy postępujemy prawidłowo?
Kilka razy w miesiącu dokonujemy przesunięć naszych towarów do magazynu położonego w Niemczech. Przesunięcia te poświadczamy dokumentami wewnętrznymi, które zasadniczo zawierają te same dane, które zwykle znajdują się na fakturze, jednak nie oznaczamy ich jako „faktura", lecz jako „MM". Czy powinniśmy mimo to uznać, że wystawiony dokument przesunięć międzymagazynowych jest jednak fakturą i stosownie do tego rozpoznać obowiązek podatkowy dla tej czynności?
Sytuacja przedsiębiorców nieświadomie uczestniczących w transakcjach z nieuczciwymi kontrahentami, z prawnego punktu widzenia, nie jest aż tak zła, jak mogłyby na to wskazywać, wydawane często na wyrost, decyzje organów podatkowych. Nawet w przypadku, gdyby okazało się, że kontrahent okazał się oszustem podatkowym, możliwe jest otrzymanie zwrotu VAT.
Paragon fiskalny nie jest jedynym dokumentem przesądzającym o stanie faktycznym, który znajduje odzwierciedlenie w rzeczywistości. Dowodzenie zwrotu towaru, będącego podstawą dokonania korekty, na podstawie innych dokumentów aniżeli paragon fiskalny, nie stoi w sprzeczności z obowiązującymi w tym zakresie przepisami. W tym przypadku, ciężar dowodu znajduje się po stronie sprzedawcy, który w prowadzonej przez siebie dokumentacji powinien posiadać dowody potwierdzające stan rzeczywisty i w sposób niebudzący wątpliwości wykazać fakt, że zwracany towar został zakupiony właśnie u niego.