Organy podatkowe mają obowiązek kontrolować m.in. czy podatnicy nie zawyżają kosztów uzyskania przychodu, a tym samym, czy celowo nie zmniejszają podstawy opodatkowania. W przypadku stwierdzenia nieprawidłowości podatnik ma prawo do złożenia korekty (deklaracji, zeznania podatkowego), a jeżeli korekta nie zostanie złożona, organ wyda decyzję wymiarową w postępowaniu podatkowym.
Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej uznał, że art. 90 dyrektywy 2006/112 w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej należy interpretować w ten sposób, że stoi on na przeszkodzie przepisom krajowym, które przewidują, iż podatnik nie może dokonać omawianej korekty, jeżeli dłużnik nie jest już podatnikiem VAT. TSUE podkreślił, że skoro dłużnik utracił status podatnika VAT, to tym bardziej przemawia to za możliwością dokonania korekty.
Fundowanie owoców pracownikom nie jest niezbędne do prowadzenia biznesu, zatem nie można odliczyć VAT od tego wydatku. Tak orzekł 17 lipca 2019 r. WSA w Łodzi. Fiskus więc wygrał, choć w sprawie podatku dochodowego twierdzi coś odwrotnego: że wydatki na zakup artykułów spożywczych mogą w dalszej perspektywie przyczyniać się do poprawy atmosfery wśród pracowników, do zwiększania ich motywacji i w konsekwencji do wzrostu wydajności, a zatem mogą przełożyć się na uzyskiwane przez spółkę przychody. Te same wydatki dla celów VAT służą natomiast – zdaniem fiskusa – celom osobistym podwładnych, a nie prowadzonemu biznesowi.
Od 1 stycznia 2016 r. obowiązują przepisy regulujące zasady dokonywania korekty kosztów (art. 15 ust. 4i-4l ustawy o CIT). Z przepisów tych wynika, że każda korekta przychodu lub kosztu, która nie będzie spowodowana błędem rachunkowym lub oczywistą omyłką, ma być dokonywana na bieżąco. Przepisy o korekcie kosztów mają zastosowanie również przy korygowaniu kosztów uzyskania przychodów poniesionych przed 1 stycznia 2016 r. Wcześniej według ugruntowanego stanowiska organów podatkowych i sądów, korekty przychodów i kosztów należało dokonywać zawsze wstecz - bez względu na przyczynę (por. wyrok NSA z 25 kwietnia 2014 r., sygn. II FSK 4/13). Dla podatników oznaczało to obowiązek korygowania prowadzonych ewidencji i zeznań podatkowych niejednokrotnie nawet za kilka lat.
Transakcje łańcuchowe, które polegają na dostawie tego samego towaru w ten sposób przez kilka podmiotów, mogą występować w różnych konfiguracjach, zarówno krajowych, jak i zagranicznych. Z perspektywy rozliczeń VAT bardzo istotne jest odpowiednie rozpoznanie transakcji łańcuchowych, szczególnie z zaangażowaniem podmiotów zagranicznych.
Przedsiębiorców, którzy pozyskują dodatkowe finansowanie w formie leasingu zwrotnego, może czekać rewolucja w rozliczaniu VAT. Takie mogą być skutki wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE z 27 marca 2019 r. (w sprawie Mydibel, sygn. akt C-201/18). Dotyczył on wprawdzie sprawy belgijskiej, ale jak przekonują eksperci, może mieć kolosalne znaczenie także dla polskich podatników.
Zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem pięciu lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. W odniesieniu do podatku VAT instytucja przedawnienia ma zastosowanie do każdego z osobna rozliczenia, niezależnie od jego wyniku, tj. zarówno do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy przekształcił się w zobowiązanie podatkowe, jak i w przypadku prawa do odliczenia.