Polski podatnik, który jest zobowiązany do rozliczenia WNT, zazwyczaj wykazuje podatek należny w rozliczeniu za okres, w którym została wystawiona faktura. W rozliczeniu za ten sam okres może odliczyć VAT naliczony, gdy zakupy są związane ze sprzedażą opodatkowaną. Problem pojawia się, gdy otrzymuje fakturę od zagranicznego kontrahenta z opóźnieniem. Po zmianach od 2017 r. takie opóźnienie w pewnych przypadkach będzie niosło ze sobą również konsekwencje finansowe.
Z przedstawionego dokumentu Komisji Europejskiej dotyczącego podatku VAT wynika, że obecny schemat rozliczania transakcji wspólnotowych ma być zastąpiony takim, w którym transakcje transgraniczne traktowane będą tak, jak transakcje krajowe. Wprowadzenie zmian może ograniczyć skalę nadużyć, m.in. poprzez zmniejszenie liczby podmiotów, które otrzymają zwrot podatku VAT dzięki stosowaniu stawki 0 proc.
Dokonanie czynności objętej zakresem opodatkowania VAT powoduje konieczność wystawienia faktury. W przypadku natomiast otrzymania zaliczki na poczet wykonania takiej czynności, podatnik jest zobowiązany wystawić fakturą zaliczkową, dokumentującą otrzymaną od kupującego wpłatę. Dodatkowo, gdy została wystawiona więcej niż jedna faktura zaliczkowa dokumentująca otrzymanie części zapłaty, a faktury te obejmują łącznie całą zapłatę, ostatnia z tych faktur musi zawierać również numery poprzednich faktur.
Zdarza się, że podatnik dokonujący sprzedaży towarów na terytorium Polski, posiada również oddział w innym kraju Unii Europejskiej. W toku wykonywanej działalności przemieszcza towary pomiędzy centralą a oddziałem. W takim wypadku powstaje pytanie, w jaki sposób należy, na gruncie podatku od towarów i usług, rozpoznać tego typu przemieszczenie. Nie jest to bowiem „zwykła” wewnątrzwspólnotowa dostawa towarów (zwana dalej także WDT). Podatnik dokonuje wywozu towarów z terytorium kraju (Polski), niemniej jednak wywóz ten nie następuje w ramach dostawy towarów na rzecz podatnika podatku od wartości dodanej. Jest to jedynie przemieszczenie towarów należących do przedsiębiorstwa podatnika.
Otrzymanie zaliczki na poczet dostawy towarów lub świadczenia usług powoduje powstanie obowiązku podatkowego w VAT. Jest to podstawowa zasada, od której istnieją nieliczne wyjątki. Pobraną sumę traktuje się wówczas jako kwotę brutto, zawierającą VAT. Natomiast wartość podatku oblicza się według stawki obowiązującej dla danego towaru lub usługi. Problem pojawia się jednak w sytuacjach, gdy dostawa lub świadczenie, na poczet których dokonano wpłaty zaliczki, są opodatkowane różnymi stawkami VAT.
Kilka razy w miesiącu dokonujemy przesunięć naszych towarów do magazynu położonego w Niemczech. Przesunięcia te poświadczamy dokumentami wewnętrznymi, które zasadniczo zawierają te same dane, które zwykle znajdują się na fakturze, jednak nie oznaczamy ich jako „faktura", lecz jako „MM". Czy powinniśmy mimo to uznać, że wystawiony dokument przesunięć międzymagazynowych jest jednak fakturą i stosownie do tego rozpoznać obowiązek podatkowy dla tej czynności?
Sytuacja przedsiębiorców nieświadomie uczestniczących w transakcjach z nieuczciwymi kontrahentami, z prawnego punktu widzenia, nie jest aż tak zła, jak mogłyby na to wskazywać, wydawane często na wyrost, decyzje organów podatkowych. Nawet w przypadku, gdyby okazało się, że kontrahent okazał się oszustem podatkowym, możliwe jest otrzymanie zwrotu VAT.
